De fem venner Scooby-Doo, Stubbe, Susan, Vera og Jan mødes for første gang, da de løser mysteriet om spøgelser på Coolsville High. De bliver bortvist, for at have iscenesat det hele som en grov spøg, men de forsøger at løse mysteriet

Året er 2009. Koreas hovedstad, Seoul, tilhører nu Japan. Trods sin koreanske oprindelse sværger den hemmelige agent Sakamoto sammen med sin kollega Saiko troskab til det voksende japanske kejserdømme. De to får til opgave at uskadeliggøre en koreansk modstandsbevægelse, men Sakamoto løber ind i vanskeligheder, da han kommer i kontakt med en kvinde fra bevægelsen – hun er den kvinde, som han tidligere har set i sine drømme. Er det bare en tilfældighed, eller er det del af en velplanlagt sammensværgelse?