500年後の未来。無法の宇宙には同盟による統一化の波が押し寄せようとしていた。同盟に反抗する退役軍人マルコムが船長を務めるセレニティー号は、必要とあらば強盗もいとわない何でも屋。個性豊かなクルーに混じり、乗客として医師のサイモンと妹リヴァーがいるが、実はこの兄妹は同盟からの逃亡者であり、リヴァーこそ同盟によって最強の戦闘兵器に改造されていた最終兵器だった。同盟の暗殺者による追跡に、対抗勢力である“リーヴァーズ”も絡み合い、熾烈な駆け引きを展開していく。

無実の罪で投獄された男ビンセント・バリーは、サンクエンティン刑務所を脱獄。無実の罪で獄死した父を持つ女性アイリーンの助けを借り、顔まで変えて真犯人に近づいていくが・・・。

NY。ペラム駅1時23分発の地下鉄が午後2時、男4人組にジャックされる。一味は先頭車両だけ切り離し、そこにいた19人を人質に。地下鉄運行指令室のガーバーは一味の一員、ライダーと名乗る男から交渉役に指名され、“1時間以内に100ドル札を1千万ドル分準備しないと1分遅れるたびに人質をひとりずつ殺す”と要求される。やがて警察は別件で収賄容疑があるガーバーを帰宅させてしまうが、ライダーはそれに激怒し……。

生化学者・永島利明は事故死した妻・聖美（きよみ）の肝細胞の培養を始める。それは、聖美を生き続けさせるためだった。順調な増殖を示す聖美の肝細胞。中でもミトコンドリアの増殖は異常ですらあった。時を同じくして聖美から腎臓の提供を受けた少女、真理子の身体にも異変が生じていた。全ては10億年前に人類の体細胞に侵入し、寄生という形の共存を続けてきたミトコンドリアの、新たな生命体への進化を目的とした計略だった。

最初は、ジュリア（ローラリーガン）は、友人のビリー（ジョンアブラハムズ）が子供として持っていた恐ろしい悪夢について、彼女が「彼ら」に注意することを勧めながら、絶えず黙想することを真剣に受け止めません。 しかし、賢い女の子であるジュリアは、彼女の魅力的なボーイフレンドポール（マークブルーカス）だけに興味を持ち、勉強を終えています。 彼女が悪夢を見て、影に奇妙な形を見ると、彼女は子供の頃の恐怖から戻ってきた乗客にそれを責めます。 一方、ビリーの友人の2人、サム（イーサン・エンブリー）とテリー（ダグマラ・ドミンチク）は、ビリーの不安は十分に根拠があり、恐ろしい何かが起きようとしているという感覚を揺るがすことができないと信じ始めます。 突然、ビリーを恐怖に陥れるモンスターが現実のものとなり、ジュリアは心配して彼女の恐ろしいビジョンについて語ります。 その瞬間から、ポールを含む誰もが彼女がおかしいと疑い始めます。

第1作から20年。猟奇殺人鬼・レザーフェイスが新たにチェーンソーで人肉を切り刻む！ テキサスのある田舎町。卒業パーティを抜け出したジェニーたち高校生4人は、真っ暗な田舎道で自動車事故を起こしてしまう。助けを求めて森のなかの一軒家に飛び込むが、そこには殺人鬼一家が住んでいた。ジェニーたちは恐ろしい暴力と虐殺にさらされる…。

モトクロスの大会に出場するため、トレーラーで道を急ぐ若者たちの一行。しかし、車のトラブルに見舞われ、恐るべき殺人鬼集団に襲われる羽目になる。