幻夢コーポレーションにDr.パックマンを名乗る覆面を被った人物が率いる4人の白衣の一団が襲撃し、檀黎斗 / 仮面ライダーゲンムから、ガシャコンバグヴァイザーと4つのプロトガシャットを強奪する。 そしてその集団は警官隊を全滅させ逃走した。 眼魔との死闘を乗り越えて完全に生き返ることが出来た天空寺タケル / 仮面ライダーゴーストは平和な日々を過ごしていたが、突然街に正体不明のゲームウイルス（パックマンウイルス）が出現し、人々を襲う。タケルは月村アカリや山ノ内御成と共に「不可思議現象」の発生を受け、出動する。 そんな中、同じく仮野明日那 / ポッピーピポパポと共にパックマンウイルスの事件を探っていた宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドとタケルは再会を果たすが、パックマンウイルスに感染した影響でタケルはゴーストドライバーを失う。また、高校生にして大人気ゲーム『ハテサテパズル』を開発した清宮東吾も、パックマンウイルスに感染する。

ポール・ラシーンは、日本でのビジネスで名古屋に来ていた。仕事が終わったのちに市内の飲食店でキリナという女性に出会い、2人で市内のビジネスホテルに泊まることに。その後すぐポールはホテルを出るが、ポールがエレベーターに乗った直後、間違えてキリナの部屋の鍵を持ってきてしまったことに気づく。 そこでキリナの部屋に戻り、こっそり鍵を返そうとドアを開けると、なんと部屋の中には忍者が数人いて、刀をキリナに向けている。ポールはすぐにフロントへ電話をかけ、キリナを助けようとするが、刀を持っていた忍者に妨害をされ、病院送りとなってしまう。 その後ポールは、度々忍者達に命を狙われることに...。

セガール扮する考古学者は、発掘のために訪れた中国で麻薬密輸事件に巻き込まれる。暗殺者に妻を殺され復讐に燃えたセガールは、その背後に世界制覇を目指すチャイニーズ・マフィアがいることを突き止め……。