サノスとの戦いで最愛の恋人を失ったショックから立ち直れないピーターが率いるガーディアンズに、銀河を完璧な世界に作り変えようとする最凶の敵が現れ、ロケットは命を失う危機に...。大切な仲間の命を救うカギは、ロケットの過去に隠されていた。全銀河の運命とチームの存続を懸けた、最強の落ちこぼれチームvs最凶の完璧主義者の感動のラスト・バトルが今、始まる──。

アトレイデス家の後継者、ポール。彼には”未来が視える”能力があった。 宇宙帝国の皇帝からの命令で、その惑星を制する者が全宇宙を制すると言われる、 過酷な《砂の惑星デューン》へと移住するが、それは罠だった…。 そこで宇宙支配を狙う宿敵ハルコンネン家の壮絶な戦いが勃発！！ 父を殺され、巨大なサンドワームが襲い来るその惑星で、全宇宙のために立ち上がるー

500年後の未来。無法の宇宙には同盟による統一化の波が押し寄せようとしていた。同盟に反抗する退役軍人マルコムが船長を務めるセレニティー号は、必要とあらば強盗もいとわない何でも屋。個性豊かなクルーに混じり、乗客として医師のサイモンと妹リヴァーがいるが、実はこの兄妹は同盟からの逃亡者であり、リヴァーこそ同盟によって最強の戦闘兵器に改造されていた最終兵器だった。同盟の暗殺者による追跡に、対抗勢力である“リーヴァーズ”も絡み合い、熾烈な駆け引きを展開していく。

宇宙世紀0093年。先のグリプス戦役以降消息不明だった、元ジオン公国軍エース・パイロットで、ジオン共和国創始者ジオン・ズム・ダイクンの息子であるシャア・アズナブル（キャスバル・レム・ダイクン）は、幾多の戦いを経ても旧態依然として地球から宇宙移民を統制し続ける地球連邦政府に対し、ネオ・ジオンを率いて反乱の狼煙を上げる。ネオ･ジオンは小惑星5thルナを地球連邦政府があるチベットのラサに衝突させようとする。かつてのシャアの宿敵アムロ・レイらが所属する連邦軍の外郭部隊ロンド・ベルの奮闘も空しく、5thルナ落下を阻止することはかなわなかった。 ネオ・ジオンはアデナウアー・パラヤを始めとする地球政府高官と密かに裏取引を行い、スペースコロニー・ロンデニオンにて停戦交渉に合意する。停戦に安堵する地球連邦の思惑と裏腹に、シャアは取引によって得た小惑星アクシズを地球に衝突させるべく再び作戦を開始した。 合意が偽りであることを察していたロンド・ベルは核ミサイルを準備、やがてネオ・ジオンとの間で戦端が開かれる。アムロは自ら開発に加わった新型モビルスーツ・ν（ニュー）ガンダムを駆り、アクシズを目指す。一方、アクシズを内部から爆破して軌道を逸らすロンド・ベルの作戦は成功するかに見えたが、アクシズの一部は既に地球の引力に捉われていた。巨大な岩塊が地球に落下しようとする中、アムロとシャアの最後の一騎打ちが始まる。

アニメ『宇宙戦艦ヤマト』のリメイク作品である『宇宙戦艦ヤマト2199』の続編。『2199』から始まるリメイク版アニメシリーズ作品としては４作目、「宇宙戦艦ヤマトシリーズ」全体では総集編を含めると１８作目に当たる。 劇場アニメ『さらば宇宙戦艦ヤマト 愛の戦士たち』およびテレビアニメ『宇宙戦艦ヤマト2』のリメイクに相当する（作品タイトルロゴのうち「2202」の末尾（一の位）の「2」が他の桁の数字より大きく描かれているのもこのため）。

固く結ばれた絆(きずな)、立ち上がる反乱者たち、そして生まれる数々の伝説。マザーワールドに反旗を翻したレベルズに決戦の時が迫る。

平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。