高校二年生の梓川咲太（声：石川界人）は、空と海が輝く街・藤沢に暮らし、先輩であり恋人でもある桜島麻衣（声：瀬戸麻沙美）と心躍るような日々を過ごしている。しかしそんな日常が初恋の相手・牧ノ原翔子（声：水瀬いのり）の出現により一変。何故か中学生の翔子と大人の翔子との二人が存在しており、咲太はやむなく翔子と一緒に住むことになるが、大人翔子に翻弄され麻衣との関係がぎくしゃくしだす。そんな中、中学生翔子が重い病気にかかっていることが判明。咲太の傷跡が疼きはじめる。

地方の町フォークス。高校卒業が近いベラはヴァンパイアの恋人エドワードから求婚されるが、自分に好意を抱く人狼ジェイコブを思って悩む。同じ頃、フォークスと同じ州のシアトル。人間からヴァンパイアに生まれ変わって間もない集団“ニューボーン”が人々を襲撃。ひとりは昔エドワードに恋人を殺され、復讐をたくらむ女性ヴァンパイアのヴィクトリア。エドワードらヴァンパイア一家は宿敵のジェイコブら人狼たちと組んで戦うこととなる。