Het speelt zich af in het jaar 2265. Er is een klein restaurant langs de hoofdweg Galaxy Kaido, die de aarde en de ruimtekolonie Uzushio met elkaar verbindt.

Gebaseerd op waar gebeurde feiten, vertelt The Hunt For The Unicorn Killer het schokkende verhaal van Ira Einhorn, een gerespecteerd Amerikaans vredeactivist in het Amerika van de jaren zeventig. Hij leeft samen met Holly Maddux (Naomi Watts), maar wanneer die hem tracht te verlaten in 1977, verdwijnt ze plotseling onder mysterieuze omstandigheden. Wat later wordt haar levenloze lichaam aangetroffen in een koffer in de flat van Einhorn, die ondertussen het land is uitgevlucht en er de daaropvolgende jaren op listige wijze in slaagt de instanties steeds een stap voor te blijven. Holly's vader blijft echter vastbesloten om gerechtigheid te laten geschieden in naam van zijn dochter en na een lange klopjacht vindt hij de 'unicorn killer' in 1997 in Frankrijk.

Een handjevol individuen - een journalist, een documentairemaker, een tienermeisje uit Roswell, een kolonel uit het leger, en een man die eerder voor jaren vermist is geweest - worden wakker in de woestijn van Area 51.

Er is vijf jaar verstreken. Er hangt geen vuiltje aan de lucht en Fin, zijn familie en de kosmos hebben geen sharknado's meer te verduren gehad. Maar dat staat op het punt te veranderen. Het fenomeen begint zich wederom voor te doen en sharknado's komen op de meest onverwachte plaatsen en manieren tevoorschijn.

Een groep aliens, vermomd als Nashville-cowboys, arriveert op aarde en opent een dierenwinkel met bijzondere, buitenaardse beesten in een slaperig woestijnstadje. In dit stadje verbergt de FBI getuigen tegen de maffia. De aliens zijn van plan om mensenkinderen te lokken en te verkopen op slavenveilingen.