大学時代親友同士だったファランとラージューは、ある日同窓のチャトルから母校に呼び出される。チャトルは二人に、ランチョーというかつての学友の消息がつかめたことを話し、探しに行こうと持ちかけるのだった。 10年前、インド屈指の難関工科大学ICE（Imperial College of Engineering）。それぞれに家庭の期待を受けて入学してきたファランとラージュー、そして自由奔放な天才ランチョーの三人は寮でルームメイトとなる。何をするにも一緒の3人はしばしばバカ騒ぎをやらかし、学長や秀才だったチャトル等から"3 idiots"(三バカ)と呼ばれ目の敵にされていた。 物語は10年前の大学におけるエピソードと現代のランチョーを探す3人の旅を織り交ぜながら、やがてファラン達も知らなかった彼の秘密に迫っていく。

学校でも家庭でも問題児となっていた8歳のイシャーン。勉強が苦手な彼は代わりに空想が好きだった。近所の年上の男の子を取っ組み合いの喧嘩をしたイシャーンは、父親に次に問題を起こしたら寄宿学校に入れると言われてしまう。 すこぶる悪い点数のテストを両親に見せられずサインをもらえなかった彼は、授業をサボってしまう。欠席届を出さないといけなかったため、兄のヨハンに書いてもらう。しかしある日、その欠席届が父に見つかってしまう。約束を守れなかったイシャーンに対して激怒した父は、友人のコネを使いすぐにイシャーンを寄宿学校に転校させる。 学校にはいままでよりさらに厳しい先生たちがいたうえ、家族に会えない寂しさが募り、イシャーンにとって非常に辛い環境だった。とうとう完全にふさぎこんでしまうイシャーンだったが、ちょうどその時、臨時で新しい美術の先生ニクンブ が赴任してくる。 ニクンブはイシャーンの様子を見て、彼は失読症であることを見抜くが…。