他人の夢に潜入してアイデアを盗み出す企業スパイのコブは国際指名手配犯であるが、それと同時に妻モルを殺した容疑もかけられていた。そんな彼に日本人男性サイトーからある依頼が。それはこれまでのように思考を盗み出すのではなく、標的にした人物の潜在意識に、あるアイデアを移植する“インセプション”という仕事だった。コブはサイトーを含むスペシャリスト6人を集め、標的の男性ロバートの夢に潜入しようとする。

ハイテクと変装を駆使する怪盗セイント。そんな彼に、低温核融合の方程式を女性科学者から奪うよう依頼がある。彼女に近づくセイントだったが……。1960年代に放映されたアメリカのTVドラマの映画化。

カルメン＆ジュニは世界の危機を救ったことで、OSS（戦略事務局）の一部門として設立されたスパイキッズに採用され、今日も活躍していた。ある晩、大統領主催のOSSパーティが開かれた。そこにはカルメン＆ジュニたちの他に、ライバル・スパイキッズ、ギグルズ兄妹と彼らの父でグレゴリオと次期OSS局長を争うダナゴンもいた。パーティも佳境に入った頃、大統領が持っていた秘密兵器トランスムッカーが何者かに盗まれてしまう。カルメン＆ジュニはトランスムッカーを追って、奇妙な動物が棲息する謎の島に辿り着き、そこで怪しげな男、ドクター・ロメオに出会うのだった。