Meer dan een jaar na de gebeurtenissen in het vorige deel wordt Miles Morales onverwachts bezocht door zijn vriendin Gwen Stacy. Al gauw wordt hij meegezogen in een missie om alle universums te redden van de Spot, een gevaarlijke maar onervaren tegenstander, die een catastrofale ramp kan veroorzaken. Miles en Gwen reizen samen door het multiversum en ontmoeten hun beschermers, een groep Spider-People die bekend staat als de Spider-Society, geleid door Miguel O'Hara.
Bob Parr (alias Mr. Incredible) heeft samen met zijn vrouw Helen (ook bekend als Elastigirl) en hun drie kinderen (Violet, Dash en Jack Jack) een enigszins 'normaal' leven. Althans, voor een familie superhelden. De gezinssituatie komt echter onder druk te staan wanneer Bob in zijn eentje voor de kleine Jack Jack moet zorgen, terwijl zijn vrouw de wereld probeert te redden.
Tijdens Halloween vindt er een brute moord plaats. Om de beruchte en machtige crimineel Carmine 'The Roman' Falcone uit te schakelen, bundelt Batman de krachten met twee corrupte wetsdienaars: hoofdinspecteur James Gordon en officier van justitie Harvey Dent. Maar wanneer er meer doden vallen op Thanksgiving en Kerstmis, wordt het duidelijk dat een mysterieuze seriemoordenaar erachter zit.
Terwijl de Holiday Killer nog steeds op vrije voeten is en Bruce Wayne in de ban van de giftige Poison Ivy blijkt te zijn, is Batman nergens te bekennen. Misdaadbaas Carmine 'The Roman' Falcone is gedwongen minder wenselijke partners te rekruteren om zijn organisatie te redden, die uitgedund wordt door de Holiday Killer. Harvey Dent voert ondertussen een strijd op twee fronten: hij probeert een einde te maken aan de maffiaoorlog en gaat tegelijkertijd een gespannen huwelijk aan. Na een aanval, die hem verminkt achterlaat, ontketent Dent de dualiteit in zijn psyche die hij zijn hele leven heeft geprobeerd te onderdrukken.
Flash wordt terug naar het verleden gezonden en komt middenin een veldslag in de tweede wereldoorlog terecht. Daar schiet hij de Justice Society te hulp. Deze groep superhelden onder leiding van Wonder Woman strijdt tegen de nazi’s. Flash biedt zich vrijwillig aan om te helpen de oorlog in hun voordeel te beëindigen, terwijl het team een manier probeert te vinden om hem terug naar huis te kunnen sturen. Dit blijkt nog niet zo makkelijk te zijn.
Nadat onschuldige burgers allerlei misdaden plegen in Metropolis en Gotham City, gaat Batman op onderzoek uit. Wanneer blijkt dat er bovennatuurlijke krachten in het spel zijn, heeft hij de hulp nodig van een bijzonder team: Justice League Dark.
Lex Luthor is tijdens een economische depressie verkozen tot president van de Verenigde Staten. Zijn doel is om alle super helden voor hem te laten werken. Zijn bedoeling daar achter is dat ze hem niet meer kunnen tegenwerken als hij de wereld over neemt. Ondertussen vechten Batman en Superman op hun eigen manier tegen de criminaliteit.
Gotham City is weer eens in de greep van een reeks supergangsters. Maar dit keer zijn het niet alleen Joker en Penguin die het met Batman aan de stok krijgen. Gotham wordt namelijk opgeschrikt door de aanwezigheid van een legendarische slechterik: Graaf Dracula. Kan Batman de Graaf weer onder de grond stoppen voordat hij Joker en Penguin tot zijn slaven maakt?
Dr. Drakken heeft een nieuw plan om de wereld te onderwerpen, maar hiervoor moet hij eerst het zwakke punt van Kim Possible zien te vinden. Hij bedenkt dat het misschien via de liefde lukt. Hij probeert daarom aan te pappen met Eric, een nieuwe jongen op school, die het hart van Kim voor zich wint. Ron vindt dit niet leuk en gaat in de tegenaanval.
Ironheart, alias Riri Williams, heeft moeite om zich aan te passen aan het studentenleven als jongste student daar wanneer het technische laboratorium van de universiteit wordt gesloopt door een buitenaards wezen en haar beste vriendin wordt ontvoerd. Geïnspireerd door Iron Man ontwikkelt ze een plan om haar vriend te redden.
Een vernielzuchtige slechterik, die zichzelf voordoet als Batwoman, zaait dood en verderf in Gotham City. Als blijkt dat de slechterik werkt in opdracht van The Penguin, gaat de echte Batwoman achter hem aan. Helaas wordt ze in de val gelokt en gekidnapt door Penguins rechterhand Bane, en de enige die haar nu nog van een gewisse dood kan redden is Batman.
Mr. Freeze en de Penguin breken in Arkham Asylum. Ze zetten hun nieuwste plan in werking en veranderen Killer Croc, Bane en andere schurken in enorme monsters. Zij laten vervolgens een spoor van vernieling achter in Gotham City.
Batman en Robin komen in actie wanneer Gotham City wordt bedreigd door de Penguin, de Joker, de Riddler en Catwoman. Deze keer bundelen de superschurken hun gezamenlijke talenten om het dynamische duo het leven zuur te maken.
Op een dag komt een stukje van de hemel naar beneden... en wie is de redder in nood? Chicken Little bedenkt samen met zijn maffe vriendjes een plan om de wereld voor de totale ondergang te behoeden. Hij bewijst aan iedereen dat de grootste held op aarde best een klein kippetje kan zijn.
Een nog niet uitgebrachte aflevering van Tekkaman Blade II, opgenomen in de Tekkaman Blade BD Box.