西暦2029年。他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー、通称「人形使い」が入国したとの情報を受け、公安9課は捜査を開始するが、人形使い本人の正体はつかむことが出来ない。 そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインが突如稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体はひとりでに動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。

2009年、地球は異星人ゼントラーディとの交戦状態に陥った。避難民5万8000人を乗せ、それ自体が宇宙都市ともいえる巨大宇宙戦艦マクロスは、太陽系外縁から地球へ帰還すべく旅を続けていた。そんなある日、艦内に敵が侵入、若き戦闘機パイロット一条輝は、襲われていた民間人の女性を危機一髪のところで救出する。なんと彼女は、人気歌手のリン・ミンメイだった。この救出劇を機に、2人は親しくなっていく。

21世紀、バイオテクノロジーとロボット産業の急速な発展により人類の寿命は飛躍的に延び、日本は世界の市場を独占し大きくリードした。しかし、同時に様々な危険性も浮かび上がったため、国際連合はこれらの技術に対して厳格な規制をかけようと動き出す。しかし日本はそれに従うことなく、2067年にハイテク技術を駆使し鎖国状態に突入。外国人は日本に入国できなくなり、その情勢を外から窺い知ることはできなくなった。

各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。

人間が自宅にいるまま、身代わりロボット“サロゲート”を遠隔操作して外で働かせるのが一般化した近未来。犯罪、伝染病、人種差別が激減し、人類は理想的な社会を実現したかに見えるが、サロゲート排斥運動を続ける人々は独立区を築いている。FBI捜査官グリアーと女性の相棒ジェニファーもサロゲート同士でコンビを組んで働くが、サロゲート2体が破壊された事件の捜査へ。なんと2体とも持ち主は自宅で怪死を遂げていた。

ジョン・ベイカーはフリースタイルモトクロスの選手だったが、 怪我のせいで引退することになり、妻にも愛想を尽かされる。ジョンは妻の愛を取り戻すために、警官になることを決意する。しかし、バイクの技術以外、卒業の最低ラインに届かなかった。

連続殺人事件の捜査中に公私共にパートナーであった妻を殺害され、休職していた刑事のダビットは、若い女性の変死体が発見されたことがきっかけで現場に戻ることになる。犯人の手がかりを得るために遺体の網膜スキャン試みるが、彼女の眼からは何故か記憶が消去されていた。