チャーリー少年は、失業中の父と母、そして祖父母がふた組の、極度に貧乏な家で、けなげに明るく暮らしていた。ある時、家のすぐそばにある世界一のチョコレート工場の主、ウィリー・ウォンカ氏が、幸運な5人の子供たちに工場内を見学する許可を与える声明を発表。ウォンカ製のチョコレートに入ったゴールデンチケットを引き当てたのは、肥満少年のグループ、富豪のわがまま娘ヴェルーカ、賞獲り少女のヴァイオレット、ゲームおたくの少年マイク。そして最後の1枚がチャーリーの手元に転がりこんだ。

古くからの伝統が根付くフランスの小さな村に、ある日謎めいた母娘がやってきてチョコレート・ショップを開店する。厳格なこの村に似つかわしくないチョコだったが、母ヴィアンヌの客の好みにあったチョコを見分ける魔法のような力で、村人たちはチョコの虜になってしまう。やがて村の雰囲気も明るく開放的なものになっていく。

チーズ会社社長にしてスイス大統領であるマイリは、独裁者として君臨していた。そんななか、アルプスに暮らすハイジの恋人・ペーターが闇チーズ売買の罪で処刑され、ハイジのおじいさんも山小屋ごと爆殺される。愛する者を失ったハイジは、復讐の鬼と化し…。