ハリーは妻と娘との3人暮らしを送るコンピューターセールスマン。だが、彼の本当の姿は、大統領直属の国家保安組織「オメガ・セクター」所属のスパイだった。 ある日、妻の浮気を疑ったハリーは、組織の力を使って捜査を開始。誤解と判明したものの、妻が抱く平凡な日常への不満を知り、彼女にスパイの任務を疑似体験させるハリー。ところがそこへイスラム過激派のテロリスト「真紅のジハード」一味が乱入、夫妻は捕らえられ、娘も巻き込まれた。国家と家族の危機にハリーが奮闘する。a

軍の退役後、生物学教授として大学にて教鞭をとるレナのもとに1年前の極秘任務に赴いたまま行方不明だった夫ケインが突然現れる。しかし、ケインは記憶が曖昧で、どうやって家に戻ったのかすら理解できていない。ケインはその後、容態を崩し、病院への搬送中、軍によってレナとともに拘束され研究施設に連れていかれる。施設でレナは心理学者のヴェントレスによってケインが危篤状態であると告げられ、ケインはこの施設の外に広がるシマーと呼ばれるエリアからの唯一の生存者であると説明される。レナはベントレスがシマーを物理学者のジョージー・ラデク、人類学者のキャス・シェパード救急医療隊員のアーニャ・ソレンセンを率いて調査することを知り、この探検隊への参加を自ら志願する。

エジプト・カイロ。家族と観光旅行に来ていたアメリカ人ジャックは、思わぬ大地震に遭遇する。市街地は壊滅、米国大使館も機能を失う。だが、それは大災害のプロローグに過ぎなかった。この地殻変動によってマグマ層に流入した海水が水蒸気爆発を起こし、低温ストームが巻き起こったのだ。地表はまるで氷河期のような極寒の地と化し、ピラミッドも雪に埋まる。ジャックたちは、紅海沿岸にあるという避難所を目指す。