ロンドンの劇場で劇作家のジェームズ・バリは新作の『リトル・メアリー』の初日を迎えていた。しかし、観客の反応は芳しくなく、翌日の新聞でも、酷評されてしまう。失意の中で日課の散歩に出かけるジェームズ・バリは公園で父親を亡くしたショックから夢や希望を持てなくなっていた少年ピーターとその家族に出会う。ジェームズは、兄を亡くして早く大人になろうとした少年時代の自分をピーターに重ね、励ましていく。やがて彼らとの交流から着想を得たジェームズは、新しい劇に取りかかる。

シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。