夏を過ごそうと田舎町で下宿するハンバートに、未亡人シャーロットは積極的だが、当のハンバートは彼女の娘・ロリータに心奪われていた。やがてハンバートとシャーロットは結婚するが、夫が娘を愛してる事を知ったシャーロットは逆上のあまり事故死してしまう。心置きなく二人だけの暮らしと相成るはずだったが、近所の視線も気になり、ハンバートはロリータを連れて車で旅に出るのだが……。

刑務所行きと引き換えに、警察学校に強制入学させられたチンピラのマホーニー。だが周囲の新入生も、彼に負けず劣らずの型破りな性格で問題行動ばかり起こす。伝統ある警察学校の品位が下がることを恐れた鬼教官のハリスは、彼らを退学させようと激しい嫌がらせをする。しかし、マホーニーたちは厳しい特訓をかわしつつ、せっせとイタズラに精を出す。

恋愛カウンセラーでありながら、夫ロブ（ラファエル・バーカー）とのセックスでオーガズムを味わったことがないソフィア（リー・スックイン）。ある日、彼女はカウンセリングを受けに来たカップル、ジェイムズ（ポール・ドーソン）とジェイミー（PJ・デボーイ）の紹介で、ブルックリンにあるサロン“ショートバス”に足を踏み入れる。

ダメな新入生を立派な警官に育てることに一所懸命なラサール校長のもとに、弟のラサール署長から電話がかかった。弟のラサールは、全米で最悪の犯罪地区の署長をしている。彼のため、そして、その地区の凶悪な暴走族を一網打尽にするために、校長は、ポリスアカデミーの卒業生の中から特に優秀な警官を選抜する。そこで選ばれたのが、マホニー、怪力超人ハイタワー、拳銃狂タックルベリー、物まね狂、通称人間効果音ラーヴェル、内気なフックス、脱ダメ亭主のダグラスの6人だった。

マホニー、ジョーンズ、ハイタワー、タックルベリーら、ドジなポリス軍団が巣立ったラサール校長をつとめるポリス・アカデミーが、廃校するかもしれないという情報が流れた。以前より署長の座を狙っていたモーザーがもう１つのポリス・アカデミーの校長におさまった。ところが州の緊縮財政により、ラサール校長のものかモーザー側かどちらか1つが閉校しなくてはいけないというのが事の真相だ。教え子たちに助けを求めるラサール校長に応えてＯＢたちがかけつける。州では、両校に優秀性を競わせ、決定は評定委員会にゆだねるという。両校の競争に備え、さっそくラサールのチーム特訓がはじまった。

世界で最も無能な警官の集団、ポリスアカデミーのメンバーたち、ラサール校長、効果音男ジョーンズ、ガンマニアのタックルベリー、超セクシーなキャラハン、扁平足のハリスが、新メンバー、新米警官コナーズを加え、モスクワへ出動することになった。彼らの任務はロシア・マフィアのゴッドファーザー、コンスタンティン・コナリを倒す事。コナリはビデオゲームを利用して、地球上のあらゆるコンピュータへアクセスできる方法を見つけ出していた。この方法で世界中のカネを盗むというのだ。ポリスアカデミーのメンバーたちは、モスクワ警察署長レイコフらの協力を得ながら、コナリの現場を抑えようとチェイスを繰り広げる。