Henry IV regeert over Engeland, maar maakt zich zorgen over zijn opvolger, Prins Hal. Hal is inmiddels volwassen, maar lijkt niet begaan te zijn met het bestuur van het land. In plaats daarvan trekt hij graag op met dieven en nietsnutten, geleidt door de oude, dikke, laffe ridder Falstaff.
Shrek (Myers) en Fiona (Diaz) zijn waarnemend koning en koningin. Ze vinden er maar niets aan, dus gaat Shrek samen met Donkey (Murphy) en Puss In Boots (Banderas) op zoek naar de ware troonopvolger. Dat blijkt een neef van Koningin Lillian te zijn, Artie, die op kostschool zit en totaal geen interesse heeft in het koningschap. Terwijl Shrek weg is, is Prince Charming bezig met een staatsgreep om Far Far Away over te nemen.