Un jove, expert en arts marcials, és reclutat pel servei d'intel·ligència anglès. La seva missió és viatjar a Hong Kong i desemmascarar les activitats fraudulentes d'un home de negocis.

Arrancat dels braços de la seva mare per Bart, Danny només coneix el món que aquest li ha mostrat: l'habitació on viu i els actes de violència que es veu obligat a cometre quan les persones a qui Bart presta diners s'endarrereixen a el pagament. Danny és, doncs, un home ensinistrat com un gos per obeir les ordres del seu amo sense dir ni piu. Però, un dia, Bart cau a l'emboscada que li tendeix un deutor venjatiu.

Xina, segle X, durant la dinastia Tang. El palau imperial s'omple de flors daurades per celebrar el Festival Chong Yang. El retorn inesperat de l'emperador i del príncep per celebrar la festa en família resulta sospitós, ja que la relació amb l'emperadriu és molt freda a causa d'una relació il·lícita d'ella amb Wan, el seu fillastre.

Després d'haver estat contaminades amb una misteriosa substància química, anomenada Ooze, quatre tortugues que viuen a les clavegueres de Nova York es transformen i muten, de sobte, en grans tortugues. Ara poden parlar i caminar com un ésser humà. Entrenades per una vella però sàvia rata (el Mestre Estellicó) les quatre tortugues, Leonardo, Michaelangelo, Donatello i Rafael, aprendran tècniques ninja per enfrontar-se als criminals més perillosos. Els seus enemics són els membres d'una secta anomenada "El clan del peu", liderada per l'Esquarterador, que vol esdevenir l'amo del món.

Ricky i el seu company, anomenat 'Músculs', són dos policies que viatgen fins a Tòquio per agafar un perillós criminal. Però quan arriben els tendeixen un parany i s'emporten Ricky segrestat, per la qual cosa Músculs rep l'ajuda de la inspectora Barbara Woo i del grassonet Fastbuck per portar el cas. Tots tres, gràcies a la seva audàcia i el seu coneixement en arts marcials, lluitaran per alliberar Ricky i caçar els delinqüents.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…