無実の罪で投獄された男ビンセント・バリーは、サンクエンティン刑務所を脱獄。無実の罪で獄死した父を持つ女性アイリーンの助けを借り、顔まで変えて真犯人に近づいていくが・・・。

刑事のトンは、凶悪犯の追跡中に誤って少女の命を奪ってしまう。トンは自責の念に苛まれながらも犯罪組織を追うが、亡き少女の妹に組織の魔の手が迫っていた。

NY。ペラム駅1時23分発の地下鉄が午後2時、男4人組にジャックされる。一味は先頭車両だけ切り離し、そこにいた19人を人質に。地下鉄運行指令室のガーバーは一味の一員、ライダーと名乗る男から交渉役に指名され、“1時間以内に100ドル札を1千万ドル分準備しないと1分遅れるたびに人質をひとりずつ殺す”と要求される。やがて警察は別件で収賄容疑があるガーバーを帰宅させてしまうが、ライダーはそれに激怒し……。

世界征服をたくらむ悪の組織“コブラ”に、“ナノマイト”が武器商人デストロの手により脅威の兵器として渡ってしまう。元々はガン細胞破壊のために作られた治療薬だった“ナノマイト”だったが、あらゆるものを破壊してしまう威力を持っていたため、コブラ達がこれを利用しようと企んでいるのだ。そんなコブラを食い止めようとアメリカ政府が送り込んだのは、世界各国から集められた地上最強のエキスパートチーム“G.I.ジョー”であった。