Tujuh puluh tahun sebelum Harry Potter membaca buku pelajaran yang ditulis oleh Newt Scamander (Eddie Redmayne) di Hogwarts, sang penulis berkelana mengunjungi perkumpulan rahasia penyihir di kota New York. Spin-off film Harry Potter yang berlatar belakang di tahun 1926 ini menceritakan kisah perjalanan Newt yang bepergian keliling dunia untuk bertemu dan mendokumentasikan hewan-hewan sihir. Akan tetapi ketika ia bersinggah di kota New York sebelum mengakhiri perjalanannya, Newt tidak sengaja melepaskan hewan-hewan sihir yang disimpannya di dalam koper sihir miliknya di dunia No-Maj (manusia tanpa kemampuan sihir).

Wendy Darling adalah seorang gadis kecil yang takut pergi dari rumah masa kecilnya. Suatu hari, dia bertemu dengan Peter Pan, seorang anak laki-laki yang tidak mau tumbuh dewasa. Mereka bersama saudara-saudaranya dan peri kecil bernama Tinker Bell pergi ke dunia ajaib yang disebut Neverland. Di sana, mereka menghadapi Kapten Hook, seorang bajak laut jahat, dan mengalami petualangan seru yang akan mengubah hidup Wendy selamanya.