در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
دانشمندی در حال ساخت روباتی کوچک با پوشش کتان (شبیه پارچه‌ی گونی) است و داستان با برخاستن روبات کوچکی (شماره ۹) در آینده شروع می‌شود. در طول فیلم بیننده از نابودی دنیا و انسان‌ها توسط ماشین‌ها و ربات‌هایی که توسط انسان ساخته شده آگاه می‌شود. به نظر می‌رسد در پایان دنیا جز برخی ربات‌های فلزی تنها چند ربات با پوشش کتان وجود دارند که آن‌ها نیز در هراس از ربات‌های فلزی زندگی می‌کنند و شماره ۹ نام آخرین ربات کتانی است که بعد از سال‌ها بیدار شده و به جمع این ربات‌ها پیوسته است و در تلاش است تا دوستانش را نجات دهد و دلیل ساخت خود و دوستانش را متوجه شود. داستان ۹ پر از کلیدهایی است که بایستی توسط بیننده رمزگشایی شوند…
گروهی از بازماندگان راکون سیتی در صحرای نوادا در حال حرکتند و سعی دارند خود را به آلاسکا برسانند. آلیس به این گروه ملحق می شود و ...
بیشتر موجودات کره زمین مرده‌اند و بازماندگان هم بخاطر تهاجم موجودات ناشناخته مجبور هستند که در شهرهای حفاظت شده زندگی کنند. زمین تقریبا تبدیل به یک ویرانه شده و مورد هجوم موجودات بیگانه‌ای قرار گرفته است که بوسیله‌ی یک شهاب سنگ به زمین آمدند و برای همه موجودات سیاره یک خطر بزرگ محسوب می‌شوند. آکی راس تلاش می‌کند به دکتر سید و کاپیتان گری ادوارد و گروهش کمک کند تا بصورت غیر نظامی از شر این موجودات ناشناخته خلاص شوند اما…
در سال ۲۰۰۳، دکتر سرینا کوگان از شرکت «سایبرداین سیستمز»، به سلول مارکوس رایت می‌آید و این زندانی محکوم به مرگ (با تزریق) را متقاعد می‌کند تا بدن خود را پس از مرگ برای پژوهش پزشکی به آن شرکت بسپارد. یک سال بعد از این جریان، ربات‌های ساخت انسان که به درجه‌ای از هوشمندی و خودآگاهی رسیده‌اند، نوع بشر را به عنوان تهدیدی برای بقای خود به‌شمار می‌آورند و سامانه‌ای به نام «سامانه اسکای‌نت» را به منظور قلع و قمع انسان‌ها ایجاد می‌کنند. این سامانه موفق می‌شود در جریان رخدادی که «روز داوری» نامیده می‌شود بیشتر افراد بشر را نابود کند.
در تصویری از آینده زمین، یک استاد هنرهای رزمی استخدام شده است تا به جستجوی قاتلی در دنیای ویرانی آلوده به طاعون بپردازد...