Shrek en Fiona zijn waarnemend koning en koningin. Ze vinden er maar niets aan, dus gaat Shrek samen met Donkey en Puss In Boots op zoek naar de ware troonopvolger. Dat blijkt een neef van Koningin Lillian te zijn, Artie, die op kostschool zit en totaal geen interesse heeft in het koningschap. Terwijl Shrek weg is, is Prince Charming bezig met een staatsgreep om Far Far Away over te nemen.

De film vertelt het verhaal van de highschool-leerling Berke Lawrence (Foster) die net gedumpt is door zijn vriendin. In de hoop om haar terug te krijgen verlaat hij zijn basketbalteam (waar Sisqó zijn teammaatje is) om in een toneelstuk te gaan spelen van Shakespeare. Met een gebroken hart leert hij Kelly (Dunst) te kennen, het kleine zusje van zijn beste vriend... die er echter niet meer zo klein uitziet.