環境が破壊され、人類が宇宙に移住した29世紀の地球。小さなロボット、ウォーリーはたった1台で700年も町を掃除している。ウォーリーの夢はたった一つ、ビデオで繰り返し見る大昔の映画のカップルのように、誰かと手をつなぐこと。ある日、巨大ロケットが着陸し、そこから1体のロボット、イヴが出現。彼女に一目惚れしたウォーリーは、なんとか彼女と話せないか悩むがイヴの目的は地球に植物がないかを調べることだった。

ゴジラシリーズ第26作。「ミレニアムシリーズ」第4作。1954年、ゴジラ日本上陸。絶体絶命の中、芹沢博士が開発した特殊兵器オキシジェン・デストロイヤーでゴジラを撃退。だが、博士はこの兵器に脅威を感じ、自らの命と共に消滅させる。この年、政府は対特殊生物防衛専門の“特生自衛隊”を組織。99年、再びゴジラ出現。特生自衛隊は迎撃するも苦戦を強いられる。政府は人工生物学者・湯原徳光を中心とする科学者チームへ対G兵器・機龍“メカゴジラ”開発を要請。2003年、ついにメカゴジラが完成する。そして、機龍の操縦士として、99年の戦いで仲間を失った特生自衛隊員・家城茜が任命された…。

どこにでもいそうな11才の少年ジミー・ニュートロン。だがそんな彼はなんとIQ302の天才発明家でもあった。今、地球人の大人がタマゴ星の神ニワトラーの生け贄にされようとしている。この危機から地球を救うため、ジミーはロケットで出発。タマゴ星のガーボッド王に挑む。

ある夜、プリンストン大学で教諭をする地球外生物学者、ヘレン・ベンソン博士の自宅にアメリカ政府のエージェントが突然やってきた。強制的にある非常事態への協力を求められたヘレンは1年前に他界した夫の連れ子であるジェイコブを隣人に預け、あわただしく公用車に乗り込む。すでに政府は軍を総動員出動させ警戒態勢を敷き、町は異様なまでに静まり返っていた。政府がヘレンのほかに核物理学・天文学・地質学などの権威を招集したのは、木星の外側で観測された謎の物体への対策を講じるためだった。小惑星と思われるその物体は想定外の進路を信じがたい速度で移動し、マンハッタンへと迫っているのだった。

地球を守るために戦うマーズギシン星のズール皇帝が地球に宣戦布告。同時に、クラッシャー隊のタケルに「地球を破壊せよ」と命じる。彼は、赤ん坊のときに地球に送り込まれたズール皇帝の息子マーズだった。だが、タケルは自分を育ててくれた地球の人々を守るため、ズールと戦う決心をする