Mentre juga en una platja rocallosa, Sasuke, un nen de cinc anys, troba una peixeta de colors anomenada Ponyo amb el cap encallat en un pot de melmelada. Sasuke la rescata i li diu: No et preocupis, jo et protegiré i et cuidaré. No obstant això, el pare de la Ponyo, un bruixot que viu a les profunditats de l'oceà, l'obliga a tornar. Vull ser humana! exclama la Ponyo i, decidida a convertir-se en una nena i tornar amb Sasuke, escapa. Però no li serà gens fàcil aconseguir reunir-se amb ell.
La família Darling viu a Londres. Wendy, la filla gran dels Darling, explica històries als seus dos germanets a l'hora d'anar a dormir. Els nens esdevenen protagonistes d'una gran aventura quan Peter Pan arriba volant fins a la seva habitació i els porta cap al país de Mai Més. Allà els nens no es fan mai grans i tot el que imaginen és possible, però també es troben amb el temible capità Garfi.
La recerca desesperada de la immortalitat del Rei Lluís XIV el porta a capturar una sirena per robar-li la seva energia vital, fet que es complica encara més quan la seva filla il·legítima descobreix la criatura.