Najaar 1941, La Rochelle aan de Franse kust: 50 Duitse militairen drinken zich zat en maken plezier in een Franse nachtclub. Voor hen kan dit de laatste keer zijn, aangezien ze de volgende morgen aan boord van een onderzeeër zullen gaan, om zo veel mogelijk vijandelijke schepen tot zinken te brengen.
Er breekt een burgeroorlog uit in de Russische Federatie, en de leider van de rebellen is voorstander van nucleaire interventie. De onderzeeër USS Alabama wordt in opperste paraatheid gebracht. Frank Ramsey, de kapitein van de onderzeeër, krijgt het aan de stok met zijn eerste officier Ron Hunter, als een eerder bevel om tien atoomraketten af te vuren niet kan worden bevestigd door een storing in de verbindingsapparatuur.
1868. Een angstaanjagend wezen van ongekende kracht valt de vrachtschepen in de Stille Oceaan aan en keldert ze. De Abraham Lincoln wordt door de overheid uitgestuurd om het akelige probleem op te lossen.
De Britten ontdekken dat iemand een geperfectioneerde manier heeft gevonden om duikboten onvindbaar te maken voor de radar en biedt deze technologie aan aan de hoogste bieder. Er breekt een internationale crisis uit als een duikboot met aan boord 16 atoomwapens verdwijnt tijdens een routinevaart.
Wetenschapper Benes, die voor Amerika belangrijke informatie bezit, wordt na een aanslag waarin hij in een coma raakt naar het CMDF gebracht. Deze instantie beheerst de techniek om voorwerpen en mensen tot microscopische grootte te reduceren. Als blijkt dat de enige manier om Benes te redden het van binnenuit verwijderen van een bloedstolsel in de hersenen is, wordt een team samengesteld dat het stolsel moet gaan bestrijden. Ze krijgen hierbij de beschikking over een moderne atoomonderzeeër, die samen met het team verkleind zal worden waarna men deze zal injecteren in Benes.
De film vertelt het verhaal van de ramp in 2000 met de K-141 Kursk onderzeeër waarbij 118 Russische zeelieden stierven. Tijdens een Russische vlootoefening in de Barentszzee zinkt de onderzeeër na enkele explosies. 23 bemanningsleden overleven de ramp en wachten wanhopig op hulp, terwijl hun zuurstof op dreigt te raken.
Wanneer een Brits schip vlakbij Griekenland tot zinken wordt gebracht, beginnen de wereldmachten een koortsachtige zoektocht naar de super geheime lading van het schip: het controlesysteem van een nucleaire onderzeeër.
1942, de Tweede Wereldoorlog. Grote hoeveelheden munitie en talloze mensenlevens gaan verloren omdat de geallieerden er maar niet in slagen om de Duitse boodschappen te ontcijferen. Omdat dit op termijn wel eens de overwinning van de Duitsers zou kunnen betekenen, wordt een grootscheepse infiltratie-operatie opgezet.
De film vertelt het waargebeurde verhaal van de eerste Russische nucleaire onderzeeër, die met pech kreeg te kampen op zijn eerste reis naar de Noord-Atlantische zee in 1961. De crew, geleid door de stugge kapitein Zateyev, raakt betrokken in een race tegen de klok om een ontploffing te voorkomen die niet alleen de crew zou doden, maar ook een wereldoorlog tot gevolg zou kunnen hebben.
Batman en Robin, het dynamische duo dat de straten van Gotham City veilig houdt, moeten de strijd aanbinden met maar liefst vier aartsrivalen; de Joker, de Penguin, Catwoman en de Riddler. Dit duivelse kwartet is van plan om de top van de VN te de-hydrateren met de gestolen uitvinding van de ietwat vreemde kapitein Schmidtlapp.
Een kapitein, genaamd Robinson, verliest zijn baan bij een bergingsbedrijf waar hij voor werkte. Wanneer hij vervolgens wordt benaderd door een schimmige financier voor werk dat betrekking heeft op de zoektocht naar een legendarische gezonken onderzeeboot beladen met goud, voelt hij de drang zichzelf en zijn voormalige werkgever iets te bewijzen.
De nieuwe zoektocht voert het team vanuit de stoffige woestijnen van het zuidwesten naar de ijzige hoogten van de Scandinavische bergen. Onderweg komen ze tegenover enorme zeemonsters te staan en krijgen ze te maken met bijzondere geesten en krachtige legenden. Halverwege de reis ontdekt Kida de geweldige kracht van de betoverde kristallen uit haar stad en moet ze uiteindelijk beslissen of het verstandiger is om het Hart van Atlantis te verbergen of om het door te geven aan de rest van de wereld.
Dr. Evil gebruikt een tijdmachine om terug te reizen naar 1969, waar hij Austin Power's mojo steelt. De Britse geheim agent moet nu terugreizen in de tijd om dit, met de hulp van Felicity Shagwell, terug te vinden. Ondertussen ruziet Dr. Evil vrolijk verder met zijn zoon, en bouwt 'ie een goede vriendschap op met Mini Me, een kloon van zichzelf, maar dan 8 keer zo klein.
De oceanen worden geteisterd door een verschrikkelijk monster dat tegen zonsondergang plotseling opduikt en zich te goed doet aan de schepen en hun bemanning. Een goede reden voor de bekende diepzeegeleerde professor Aronnax om op zoek te gaan naar dit geheimzinnige en kwaadaardige dier.
Half de jaren '80. President Reagan en zijn Russische collega Gorbatchov plannen een top in IJsland met als doel de relatie tussen beide grootmachten te verbeteren. Net op dat moment botst een Russische nucleaire onderzeeër nabij de kust van Bermuda met een Amerikaanse duikboot. De Russen maken zich zorgen om de opgelopen averij en het niet meer onder controle hebben van de nucleaire wapens die zich aan boord bevinden. De Amerikanen vrezen de vernietiging van enkele grote Amerikaanse steden omwille van de defecte Russische atoomwapens en achten dat het ongelukkige voorval het moeizame vredesproces tussen Reagan en Gorbatchov des te meer op de helling zet. Beide kapiteins gaan echter niet meteen aankloppen bij hun president.
Het is 2019 en de wereld is verwoest door oorlog en ten prooi gevallen aan anarchie. Huurling Hugo Cornelius Toorop krijgt de opdracht om de jongedame Aurora te escorteren van Rusland naar Amerika. Hij komt er achter dat zij een virus draagt dat het uitsterven van het menselijk ras kan betekenen.
Bij marineoefeningen vinden twee duikers het schip de Nautilus, dat sinds de storm van 16-03-1877 vastligt onder een rif. Ook kapitein Nemo blijkt nog aan boord te zijn.