De film begint in het 2003-universum. Een gevecht tussen de Paarse Draak-straatbende en de Turtles wordt vastgelegd op film, maar wanneer deze later op tv wordt uitgezonden beweren alle vier de turtles (die uit het 2003-universum) niks af te weten van deze vechtpartij. Ze breken in bij het hoofdkwartier van de Paarse Draken om deze “dubbelgangerturtles” te vinden, maar ontdekken dat de dubbelgangers wel degelijk echte Turtles zijn.
Nadat ze zich jarenlang verscholen hebben voor mensen hopen de Turtle-broers nu met heldhaftige acties New York voor zich te winnen en geaccepteerd te worden als gewone tieners. Met hulp van hun nieuwe vriendin April O’Neil gaan ze de strijd aan met een mysterieuze misdaadorganisatie, maar dat blijkt nog niet zo makkelijk. Zeker niet als ze een mutantenleger achter zich aan krijgen.
Een spannende Ninja-fantasie gebaseerd op de roman van Shiba Ryotaro, verweven met het mysterieuze lot en de romantiek van Shinzo en een mooie prinses die zich in het middelpunt bevinden van een intriges rond het legendarische land Yasurai in de bergen van Kumano. Verborgen goud, de liefde van een mooie prinses en het naderende kwaadaardige zwaard dragen allemaal bij aan het brengen van een Ninja-actiethriller die alleen de legendarische acteur Okawa Hashizo en de geniale regisseur Kato Tai konden produceren!
Zes ninja's krijgen de taak om het eiland dat ze thuis noemen, Ninjago genaamd, te beschermen. 's Nachts zijn het krijgers, die hun vaardigheden en geweldige voertuigen gebruiken om monsters en slechteriken te bestrijden.
Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een einde te maken aan de demonische aanval.
Tijdens een zakenreis in Japan ontmoet Paul Racine in de bar van zijn hotel de knappe Kirina. Ze maken kennis, gaan nog iets drinken op haar kamer en beleven samen een passionele nacht. Wanneer Paul naar zijn kamer gaat, neemt hij de verkeerde sleutel mee. Hij keert terug naar Kirina's kamer en staat oog in oog met drie ninja's die Kirina koelbloedig onthoofden omdat ze haar beschermheer, de alom gevreesde Kinjo, heeft verraden. Paul wordt ook aangevallen, maar kan op het nippertje ontsnappen. Zijn leven is echter in gevaar, maar hij zweert haar dood te zullen wreken.
Een groep drugsrunners/vrijheidsvechters heeft een aantal toeristen ontvoerd in de Filipijnen en dreigt hen te vermoorden wanneer niet aan hun eisen wordt voldaan. Een speciale eenheid, bestaand uit drie man, moet de toeristen zien te bevrijden.
Nadat hij zijn ouders heeft verloren, reist een priester naar China. Daar erft hij een mysterieuze gave die hem de mogelijkheid geeft om in een dinosaurus te transformeren. Eerst wil hij niks van deze gave weten, maar een prostituee weet hem over te halen.
Kanzo Hattori, bekend als Nin, een van de laatste afstammelingen van de Iga-clan, wordt door zijn vader, grootmeester Hattori, naar Tokio gestuurd om zijn lot als ninja te vervullen. Maar in Tokio komt hij de jonge Kenichi tegen, die zijn leven redt. Nin zweert vervolgens trouw aan Kenichi en onderneemt een genadeloze strijd tegen de rivaliserende Koga-clan, om zijn jonge meester te beschermen...
Rebellen mobiliseren Japanse troepen die dorpen in China plunderen, wat resulteert in een mislukte moordaanslag die voor beide partijen ernstige gevolgen heeft.
De tweede film die Robert Tai maakte met zijn originele Ninja: The Final Duel-beelden. Deze werd grotendeels gebruikt als basis voor Shaolin Dynamite.