Gerry Conlon was politiek niet actief in Noord Ierland, maar door zijn zwerftochten door de stad wordt hij verdacht van lidmaatschap bij de IRA. Uit veiligheidsoverwegingen stuurt zijn vader hem naar Londen, waar hij ook is als op 5 oktober 1974 een bomaanslag wordt gepleegd en een hippie hem en zijn vrienden aangeeft als mogelijke daders.
De film gaat over United Airlines vlucht 93 van 11 september 2001 die door terroristen werd overgenomen. De passagiers kwamen er door gesprekken op hun mobiele telefoons achter dat andere vliegtuigen al in de torens van het WTC waren gevlogen en dat hun vliegtuig op weg was naar Washington D.C. De film laat zien hoe de passagiers besloten in opstand te komen tegen de kapers in een wanhopige poging te voorkomen dat het vliegtuig zou neerstorten.
Tijdens de Olympische Spelen van 1972 in München, werd de Israëlische ploeg gegijzeld door Palestijnse terroristen. Dit resulteerde in de dood van Israëlische deelnemers. Een Mossad-agent krijgt de opdracht een team samen te stellen om de 11 verantwoordelijke Palestijnen te vinden en te vermoorden.
Katharina Blum is een jonge vrouw. Ze ontmoet Ludwig, en wordt spontaan verliefd. Na de nacht samen doorgebracht te hebben, wordt Katharina 's ochtends door de politie wakker gemaakt. Ludwig blijkt een terrorist te zijn, en heeft het hazenpad gekozen.
Selma, een Palestijnse vrouw, krijgt te maken met een nieuwe buurman: de Minister van Defensie van Israël, die intrekt in een huis naast haar citroengaard, op de grens van Israël en de Westoever. De veiligheidsdienst ordonneert onmiddellijk dat Selmas citroenbomen verwijderd moeten worden omdat ze een gevaar voor de veiligheid van de Minister vormen. Hierop trekt Selma met haar jonge Palestijnse advocaat naar de rechter, tot zelfs de hoogste Israëlische rechtbank. Ze krijgt hulp uit onverwachte hoek: van Mira, de vrouw van de Minister.
Jack Ryan, een voormalig CIA-agent, is met vrouw en dochter op vakantie in Londen. Daar raakt hij betrokken in een aanslag van het IRA op een lid van de Britse koninklijke familie. Door Ryan's toedoen mislukt de aanslag en hij schiet hierbij een van de daders dood.
In vijf verschillende segmenten die vijf verschillende visies op de gebeurtenissen weergeven, wordt een poging tot aanslag op de Amerikaanse president in Spanje gevolgd. Een toerist weet de mogelijke terrorist op video vast te leggen, waarna er door veiligheidsdiensten een reeks maatregelen genomen moet worden.
Wanneer de president van Rusland plotseling overlijdt wordt hij opgevolgd door een onbekende politicus, wat ervoor zorgt dat oude gevoelens van wantrouwen weer op beginnen te spelen. De CIA huurt Jack Ryan in om inzicht te geven in de situatie.
In The Siege wordt de Verenigde Staten geteisterd door een aantal opeenvolgende terroristische aanslagen waarbij vele doden vallen. FBI agent Hubbard gaat op zoek naar de daders wanneer zijn pad wordt gekruist door CIA agente Elise Kraft. Zij lijkt infomatie te hebben die ze voor Hubbard achterhoudt. Wanneer bij de aanhoudende aanslagen honderden doden vallen wordt het leger onder leiding van generaal Deveraux ingeschakeld, wat de situatie alleen maar erger maakt.
Een voormalig Amerikaanse diplomaat keert terug naar zijn dienst om een voormalige collega in Beiroet te redden.
Een groep buitensporige mensen, waaronder een wanhopige nymfomane en een terrorist met een scherp reukvermogen, zoeken liefde en geluk in Madrid.
De IRA-terrorist Frankie McGuire ontsnapt naar New York waar hij onder de naam Rory Devaney in het huis van de Ierse agent Tom O'Meara woont. Tom weet niets van de echte identiteit van Frankie. Er ontstaan problemen wanneer Tom langzaam achter de ware identiteit van "Rory" komt.
De idealistische professor Dr. Malley, inspireert twee van zijn studenten om hun studie af te breken en zich bij de Amerikaanse troepen in Afghanistan te voegen. Als Malley dit verneemt, weet hij niet of hij zich trots of schuldig moet voelen. Ondertussen vormt senator Jasper Irving, een grote bedreiging. Hij is van plan om een onthullend interview met enorme gevolgen te geven aan tv-journaliste Janine Roth.
De brandweerman Gordon Brewer komt terecht in de gevaarlijke wereld van het internationale terrorisme nadat zijn vrouw en kind omgekomen zijn bij een bomaanslag. Gefrustreerd door het officiële onderzoek, en bang dat de verantwoordelijk nooit gestraft zou worden, neemt Brewer het heft in eigen hand.
Nog een missie met Mahadevan en zijn bemanning, een vlucht wordt gekaapt door hardcore terroristen.