1931年、パリ。身寄りのない少年ヒューゴはリヨン駅の時計台の中に隠れ住み、孤独な毎日を送る。そんな彼に大切なのは、亡くなった父親が残した、壊れた“機械人形”。その修理に悪戦苦闘していたヒューゴは駅の構内にあるおもちゃ店で万引きを働き、店主の老人に、人形について書かれた大切な父のノートを取り上げられてしまう。そんなヒューゴだが、老人の養女イザベルと仲良くなり、一緒に機械人形の秘密を探る。

ミヒャエル・エンデの名作ファンタジー小説を映画化。いじめっ子たちに追いかけられた少年バスチアンが、逃げ込んだ古本屋で手にした『はてしない物語』。読み進めるうちに、彼は不思議な小説の世界に引き込まれていく……。

タイムトラベラーとなった少女グウェンは、パートナーのギデオンとともに、秘密結社“監視団”の任務を遂行することになった。その任務とは、12人の時間旅行者全員の血を集めて“クロノグラフ”の真の力を引き出すこと。だが監視団を完全には信頼できないグウェンは、真実を知るため、失踪した時間旅行者のルーシーとポールをひそかに捜し始める。一方、監視団の創設者サンジェルマン伯爵はグウェンの動きに不審を抱く。

最愛の人エドワードと結婚したベラ。その後ベラはレネズミを出産するが、彼女の幼なじみジェイコブは、二人の娘こそがオオカミ族に伝わる運命の相手だと知る。一方、ヴァンパイアの王族ヴォルトゥーリ族は、レネズミが不滅の子というヴァンパイア族を滅亡させてしまう存在だと考えていた。

紆余曲折がありながらも、結婚式を迎えたベラとエドワード。新婚旅行から帰った後、ベラはエドワードの手でヴァンパイアへ転生することになっていた。ところがベラは、新婚旅行先の南の島で体の異変に気付き、エドワードの子どもを妊娠していることが発覚する。しかし、それは決して生まれてはならない危険な存在であった。