ホワイトハウスの女性スキャンダルを追っていたテレビ局のジェニーは、「エリー」という名に行き当たる。だがそれは女性の名ではなく、「Extinction Level Event（種の絶滅を引き起こす事象）」の略だった。大統領は、1年後に未知の彗星が地球に衝突する可能性があることを公表。これを阻止すべく彗星を核爆発させて軌道修正するプロジェクトが実行されたが、結果は失敗。衝突が刻一刻と迫る中、ついに大統領は地下に選ばれた100万人だけを移住させる計画を発表するのだった。

2011年に致死性のウイルスが突如発生、人類の99%が死滅したことで、世界は人類滅亡の危機に陥った。科学者トレヴァー・グッドチャイルドの開発したワクチンで生き残ったわずか500万人の人類は、救世主の子孫グッドチャイルド一族の圧政的な管理化の下、汚染された外界と壁で隔てられた都市ブレーニャで暮らしていた。病気も、飢餓も、戦争もないユートピア都市は秘密と虚偽で成り立っていた。

肉眼でもレーダーでも捉えられないインビジブル機能搭載の最新型ステルス戦闘機“スイッチブレイド”。米国が極秘に開発したこの戦闘機がある日、何者かに盗まれる。そしてそれは武器商人ガンダーズの手に渡っていた。彼は、ハンガリーのブダペストで行われるボクシングのタイトル・マッチの前夜パーティを自邸で開催する裏で、戦闘機の入札を行おうと企てる。これに対し米国の国家保安局BNSは、戦闘機の奪回をスペシャル・エージェントのアレックスに命じ、その相棒として何とタイトル戦に出場する無敗のボクサー、ケリーを指名するのだった。