In een alternatief 1985 zijn superhelden in de ban gedaan door de Amerikaanse federale overheid. Waar voorheen superhelden tot het algemene Amerikaanse straatbeeld behoorden, heeft de overheid het superheldenbestaan illegaal verklaard. Wanneer één van zijn oud- collega's in deze onrustige dagen van de Koude Oorlog wordt vermoord, start de gemaskerde burgerwacht Rorschach een onderzoek. Langzaam maar zeker brengt dit een duister complot aan het licht.

Jerry Blake (ook bekend als Federal Operator 99) werkt samen met Joyce Kingston om de plannen van de ontsnapte misdaadbaas Jim Belmont te dwarsbomen.

Hitman: Agent 47 gaat over een genetisch gemodificeerde huurmoordenaar. Deze perfecte moordmachine is vernoemd naar de laatste twee cijfers van een in zijn nek getatoeëerde barcode en is het resultaat van tientallen jaren onderzoek en 46 prototypes.