Pada tahun 298 dari era para dewa, gadis sekolah dasar Washio Sumi, Nogi Sonoko, dan Minowa Gin ditugaskan dengan misi penting. Mereka akan menjadi pahlawan dan melawan Vertex, musuh misterius yang menyerang Shinju-sama, pohon dewa yang melindungi Shikoku, satu-satunya wilayah di dunia yang masih layak huni. Apa yang tidak mereka ketahui, adalah bahwa pertarungan ini akan menelan biaya lebih dari yang pernah mereka bayangkan.

Ketika sebuah sistem satelit pengontrol cuaca mendadak rusak, seorang ilmuwan harus berpacu melawan waktu untuk mencegah bencana cuaca di Bumi.