옛날 옛적 바다 밑, 페퍼랜드(Pepperland)라는 평화로운 마을에 이나라 최고 인기 밴드인 서전트 페퍼스 론리 하츠 클럽 밴드(Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band)가 음악이라면 질색인 블루 미니스(Blue Meanies)가 이끄는 군대로 부터 미사일 공격을 받는다. 그들은 이세상에서 음악과 사랑과 행복을 영원히 말소시키기 위해 평화로운 마을에 침공한 것. 위기를 맞은 페퍼랜드 국민들은 구원을 청하는 노란 잠수함을 타고 비틀즈를 찾게 되고 사정을 들은 비틀즈는 온갖 모험과 기지로 마을의 평화를 되찾는다.

젊은 지도 제작자 마일로는 전설의 섬 아틀란티스에 가보는 것이 꿈이다. 바닷속 어딘가에 아틀란티스가 실재한다고 말할 때마다 바보 취급을 받던 마일로에게 한 괴짜 갑부가 아틀란티스를 찾는 중요한 단서인 고대 문서를 전해준다. 갑부의 후원으로 탐험대를 꾸린 마일로는 요란한 모험 끝에 신비의 땅 아틀란티스를 발견한다.

미국 망명을 요청한 동구권 축소과학의 귀재 베니쉬 박사가 테러범의 공격을 받고 뇌사상태에 빠진다. 미국 정부는 특수부대를 동원하여 잠수함을 미생물 크기로 축소시켜 베니쉬의 혈관에 투입, 뇌의 응혈을 제거하는 프로젝트를 긴급히 마련한다. 그러나 미국의 현재의 기술로는 축소는 한시간에 국한될 뿐, 시간을 연장시킬 수 있는 열쇠는 베니쉬 박사가 갖고 있었던 것. 특수요원 그랜트, 함장 오웬스, 뇌수술의 1인자 듀발 박사, 그의 아름다운 조수 콜라 등은 죽음을 무릅쓰고 인체내로 투입되어 임무를 수행하지만 예상치 않은 죽음의 복병들이 그들을 가로막고 시간을 지체하게 만드는데...

독일 잠수함 유보트가 맹활약하던 2차대전 당시의 북대서양. 연합군은 그들의 공격으로 천여 척의 배를 잃었고 이윽고는 해상 보급라인까지 위협받기 시작했다. 가장 큰 이유는 독일 유보트의 무선 암호를 해독할 수 없었기때문. 이때 독일 U-571 잠수함이 연합군의 폭격으로 일부가 파손된 채 대서양에 떠있게 된다. 정보를 입수한 연합군은 긴급 특수작전을 계획한다. 작전을 위해 1차 세계대전때 만들어진 미 잠수함 S-33호가 채택된다. 함장 마이크 댈그런(빌 팩스톤)과 보좌관 대위 앤드류 타일러(매튜 맥코너히)를 비롯한 수병들은 영문도 모른 채 작전에 긴급 투입된다. 바다 한가운데에서 비밀 작전의 내막을 전해들은 그들. 이들의 목표는 '트로이의 목마'처럼 S-33호를 독일 유보트로 위장한 채 U-571에 접근하여 암호해독기를 탈취하는 것. 독일군과의 목숨을 건 총격전 후 앤드류 대위 일행은 U-571에 잠입하는데 성공한다. 그러나 이를 눈치챈 독일구축함의 공격이 시작되고, 이제 그들은 적진에 포위된 채 U-571로 탈출해야 하는데...

흑해에 침몰한 나치의 유보트안에 실려있는 황금을 발굴한 해군 출신의 잠수함 선장 로빈슨과 그의 동료들이 폐쇄된 잠수함에서 서로를 위협하게 되는 과정을 그린 스릴러