금광을 찾아 알래스카에 온 찰리는 살인범 블랙의 오두막에서 금광을 찾았다는 멕케이를 만난다. 산속에 갖힌 이들은 원조를 청하는 제비뽑기를 한다. 블랙이 길을 떠나지만 추격중이던 경찰을 만나 죽고,찰리와 맥케이는 너무 배가 고파 구두를 끓여 먹기도 한다. 간신히 마을에 도착한 찰리는 조지아라는 무희에게 반한다. 그녀는 추근거리는 남자들을 따돌리기 위해 찰리와 춤을 추지만, 어느날 그가 자신을 좋아하고 있음을 눈치챈다. 한편 자신이 발견한 금광의 위치를 잊어버린 멕케이는 찰리와 함께 구사일생으로 금광을 다시 찾고 이들은 백만 장자가 되는데...

증기기관차 ‘제너럴’과 여자친구 애너벨 리를 사랑하는 기관사 조니는 남북전쟁이 발발하자 남군에 입대하려 하지만 거절당한다. 이 때문에 애너벨은 그가 겁쟁이라고 생각하게 된다. 어느 날 북군이 애너벨이 타고 있는 제너럴을 훔쳐가자, 조니는 자신의 두 연인을 구해내고 용기를 입증하려 하는데...

옛날 옛적 바다 밑, 페퍼랜드(Pepperland)라는 평화로운 마을에 이나라 최고 인기 밴드인 서전트 페퍼스 론리 하츠 클럽 밴드(Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band)가 음악이라면 질색인 블루 미니스(Blue Meanies)가 이끄는 군대로 부터 미사일 공격을 받는다. 그들은 이세상에서 음악과 사랑과 행복을 영원히 말소시키기 위해 평화로운 마을에 침공한 것. 위기를 맞은 페퍼랜드 국민들은 구원을 청하는 노란 잠수함을 타고 비틀즈를 찾게 되고 사정을 들은 비틀즈는 온갖 모험과 기지로 마을의 평화를 되찾는다.

미국 망명을 요청한 동구권 축소과학의 귀재 베니쉬 박사가 테러범의 공격을 받고 뇌사상태에 빠진다. 미국 정부는 특수부대를 동원하여 잠수함을 미생물 크기로 축소시켜 베니쉬의 혈관에 투입, 뇌의 응혈을 제거하는 프로젝트를 긴급히 마련한다. 그러나 미국의 현재의 기술로는 축소는 한시간에 국한될 뿐, 시간을 연장시킬 수 있는 열쇠는 베니쉬 박사가 갖고 있었던 것. 특수요원 그랜트, 함장 오웬스, 뇌수술의 1인자 듀발 박사, 그의 아름다운 조수 콜라 등은 죽음을 무릅쓰고 인체내로 투입되어 임무를 수행하지만 예상치 않은 죽음의 복병들이 그들을 가로막고 시간을 지체하게 만드는데...