マルコ・ラミウス艦長が指揮する、ソ連の誇る最新原子力潜水艦レッド・オクトーバーが、アメリカ東海岸に接近した。アメリカ政府は、ラミウスの狙いはアメリカ攻撃だと判断する。だがCIA分析官だけは別の見解を示す。ラミウスは亡命しようとしていると言うのだ。だが自説を証明するためには、あと数時間の余裕しかない。なぜならソ連の海軍と空軍が総力をあげてレッド・オクトーバーを追っているから。かくして大西洋は海戦の場と化した…。

原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

2000年にロシアで実際に起きた原子力潜水艦事故を、トマス・ヴィンターベア監督が完全映画化した実録アクション。118名の乗務員とともに出航した原潜が爆発事故で沈没。その中に23名の生存者がいたのだが……。