Al cap de 40 anys, la tinent Ripley, única supervivent de la nau "Nostromo", es recollida de la seva càpsula de salvament i deshivernada. Durant tot aquest temps el planeta d'on va sortir l'Alien, el LV-426, és colonitzat però s'ha perdut tota comunicació amb els seus habitants. Per investigar el succeït s'envia un equip de marines espacials, amb Ripley al capdavant de l'expedició. El que els espera allà no és només una criatura, en són milers....
Un comando de mercenaris és contractat per la CIA per rescatar uns pilots capturats per les guerrilles a la selva Centreamericana. La missió resulta satisfactòria, però durant el seu viatge de tornada s'adonen que alguna cosa els està caçant un per un, aquesta cosa resulta ser un caçador alienígena que es queda amb les calaveres de les seves víctimes com a trofeus.
Un treballador de línies elèctriques te un avistament d'un ovni. Des d'aleshores s'obsessiona amb el tema i fins i tot li arriben visions d'una muntanya a la que ha d'anar-hi.
Ray Ferrier és un estibador de Nova York divorciat que no porta gaire bé l'ofici de ser pare. Mentre l'exdona i el seu actual company se'n van de viatge a Boston, en Ray ha de reconstruir la relació amb en Robbie, un adolescent problemàtic, i la petita Rachel durant tot un cap de setmana. Tots tres són testimonis d'una tempesta insòlita de llamps electromagnètics que precedeix l'aparició de màquines inquietants. La invasió extraterrestre del nostre planeta ha començat i en Ray haurà de fer mans i mànigues perquè la seva família se'n surti.
Uns platets voladors procedents de Mart es troben sobre totes les capitals del món, i tota la humanitat conté la respiració esperant veure quines són les seves intencions. Entre ells està el president dels Estats Units, l'assessor científic del qual li assegura que seran absolutament pacífics. No obstant això els seus assessors militars li aconsellen que anihili als marcians abans que sigui massa tard.
En una estació espacial, un científic (Bruce Dern) és el responsable de mantenir amb vida les últimes espècies botàniques de la Terra, però rep l'ordre de destruir-les.