「貴族」マイエル＝リンクが、都の名門エルバーン家の少女シャーロットを拉致する事件が発生した。エルバーン家は、"D"に加え、「貴族」たちでさえ恐れる凄腕のハンター一味・マーカス兄妹にもシャーロットの救出を依頼した。 "D"、マーカス兄妹、マイエル＝リンクと彼が雇った怪物の用心棒「バルバロイの民」が入り乱れての追跡行の行きつく先、最終決戦の場は、悪名高い女「貴族」カーミラの居城であった。

前作から数年後、大戦が世界各地で勃発し文明は衰退し世界は貧困と荒廃が進んでいた。復讐を遂げたものの虚無感に囚われ荒野を目的もなく走り続けるマックス。ある日捕らえた男ジャイロキャプテンより今も稼動し続けガソリンが取り放題の石油精製所があると聞かされる。しかしそこにはガソリンを独占しようとするヒューマンガス率いる暴走族集団と精製所に立てこもる市民が日々攻防戦を繰り返していた。　なんとか精製所にもぐりこんだマックス。中の市民は豊富なガソリンを持って脱出をしたいがガソリンタンクを牽引する車を持って来ればガソリンを好きなだけ渡すという取引を行う。群がる凶悪暴走族の中、マックスは一人で突破を試みるが・・

ロバート・ネビルは優れた科学者だが、彼でさえ、その恐ろしいウイルスを食い止めるすべを知らなかった。それは誰にも封じることができず、治すこともかなわず、しかも、人間が作り出したウイルスだった。なぜか免疫があったネビルは、荒れ果てたニューヨークで――あるいは世界で――ただ１人生き残っている。この３年間、彼は毎日几帳面に無線でメッセージを流し続け、必死にほかの生存者を捜してきた。だが、確かに彼は"１人"ではなかった。ウイルスに侵され、変異した人間たちが闇に潜み、彼を見つめていたのだ。ネビルを駆りたてているのは唯一残った使命、それは、彼自身の免疫のある血液を使ってウイルスの影響を改善する方法を見つけること。しかし、彼には圧倒的多数の敵が迫り、時間は刻々となくなっていく...。

人類が滅亡した後の地球で一体の人形「９」が目を覚ます。声が出ない彼は声をかけられた人形「２」と出会い、彼は喋れるようにしてくれた。しかし突然、機械怪獣・ビーストに襲われ「２」は連れ去られてしまう。一人ぼっちになったが次に出会ったのは、リーダーの「１」、女騎士の「７」などの仲間たち。９は２を助けようと仲間たちと共に旅に出る。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

ハリウッド最高峰のスタッフが坂口博信監督のもとに集結して完成させた、史上空前のフルCG作品。 西暦2065年の地球。かつて隕石とともに現れた謎の侵略者ファントムの襲来を受け、人類に未曾有の危機が訪れていた。どんな物質も透過して進み、あらゆる武器が効かず、触れただけで命を奪う無敵の存在達に、残った人類はバリアシティに暮らしながら、生命力を兵器に転用し、わずかな抵抗を続けていた。 そんな中、老科学者のシドと女性科学者アキはファントムを無力化させる融和波動を発見、これをもつ8つの生命体を探して人類を救おうとしていた。一方で政府は最終兵器を用い、ファントムの本拠、隕石を叩いて一気に戦争を終結させ地球を守ろうと計画を進めていた。やがて知る驚くべきファントムの正体と生命波動の関係。果たして地球の運命は……。