西暦2125年、太陽系外縁の開発に着手していた太陽系開発機構 (SSDO) は、エネルギー問題の解決と開発のシンボルとして、2140年の実現へ向けて「木星太陽化計画」（JS計画）を進めていた。その前線基地であるミネルヴァ基地で、計画主任・本田英二は長らく音信不通だった恋人マリアと再会を果たす。彼女は過激な環境保護団体「ジュピター教団」の破壊工作グループのメンバーとなっていた。英二は宇宙言語学者ミリセント・ウィレムに協力し、木星探査艇「JADE-III」で数万年前に太陽系を訪れた宇宙人の母船「ジュピターゴースト」の探査を行う。一方、英二の友人であるパイロット・キンと天文学者・井上を乗せて彗星源探査に向かっていた宇宙船「スペース・アロー」が謎の遭難を遂げる。計画責任者のマンスールの調査の末、原因はマイクロブラックホールとの接触によるものであり、しかも太陽に衝突するコースをとっている事が判明する。