9世紀のアイルランド。スコットランドの島から高名な修道士エイダンが、「聖なる書」を携えてやって来る。エイダンは、少年の修道士であるブレンダンにインクの原料となる植物の実を採ってきてほしいと依頼。ブレンダンは、妖精の少女アシュリンの協力もあり、危険な森で何とか実を採取する。するとエイダンは、ブレンダンに本の続きを書くように頼み……。

収穫祭の賞品として農場主アーサーにもらわれた子ブタのベイブ。牧羊犬の母犬フライはベイブに農場のルールを教えた上、自分の子供たちと同じようにベイブを可愛がってくれる。

6500万年前、巨大隕石の落下によって、恐竜世界と人間世界が2つに引き裂かれた。絶滅したと思われていた恐竜は進化し、独自の世界を地下に作り上げていった。 そして現代のニューヨーク・ブルックリン。ある1人の女性が教会の前で何かを置きその場を去って行く。それは1つの大きな卵と小さな石。教会のシスター達はこれらを拾う。シスター達の前で何と卵から人間の赤ん坊が生まれた。更に20年の時が経った。ブルックリンで配管工の仕事を請け負うマリオとルイージの兄弟は、地下の下水路で化石発掘を行う調査チームのリーダーであるデイジーと知り合う。ある日、マリオとルイージはデイジー、マリオの恋人ダニエラと外食を楽しむ。食事後マリオ達と別れたダニエラが突然2人の謎の男に誘拐され、その次にデイジーも誘拐されてしまった。マリオ達は後を追い地下を訪れた。そこではデイジーが謎の入り口に引きずり込まれ、マリオ達もその入り口に飛び込んだ。その先には広大な地下空間に広がる恐竜人の帝国を発見した。デイジーを探してさ迷う2人に、地下帝国の王クッパの手が迫る。