De film is onderverdeeld in drie hoofdstukken. Het eerste deel gaat over een groep kosmonauten die de Aarde ontvluchten om een beter leven op te zoeken. Maar naarmate de ouderen sterven, degenereert de maatschappij. Het middendeel vertelt de tragische geschiedenis van een opstand van mensen, onder aanvoering van een kosmonaut-Messias, tegen de tirannie van eigenaardige vogel creaturen. Het laatste deel, draait rond een flashback naar de moeilijke tijd van de kosmonauten op Aarde.
Wolff doolt met zijn ruimteschip over het onvruchtbare en braakliggende land van een onherbergzame planeet. Deze planeet wordt geplaagd door een fatale ziekte. Drie vrouwen maken een noodlanding op de planeet. Al vlug worden ze gevangen genomen door de dictator en mutant Overdog. Wolff is vastbesloten hen te redden en krijgt daarbij, tegen wil en dank, hulp van Niki, een pubermeisje dat zich tot zolang op de planeet heeft weten te redden.
De gebeurtenissen spelen zich tegelijkertijd af met die uit de eerste film. Dit keer zet de ruige rechercheur Mark alles op alles om zijn zoon Trent te bevrijden van een oorlogsschip met gewelddadige aliens aan boord.
Whitley Strieber gaat met zijn familie en vrienden naar zijn vakantiehuisje in het bos. Daar zien ze rare verschijnselen die aan buitenaards leven doen denken. Whitley wordt ontvoerd door een UFO en begint zich af te vragen of hij dit werkelijk heeft meegemaakt. Hij klopt aan bij een psychiater die onder hypnose de waarheid uit hem probeert te krijgen.
Een ruimteschip heeft op haar lange reis een ontmoeting met een piramide. De verrassing maakt plaats voor afschuw wanneer de bemanning stuk voor stuk wordt geconfronteerd met hun ergste nachtmerries.
Mark en Sarah slagen er als enigen in om uit het gevaarlijke wassenbeeldenmuseum te ontsnappen en net als ze denken dat ze in veiligheid zijn, wordt Sarahs stiefvader aangevallen door een afgehakte hand. Het tweetal is vastbesloten om deze en andere gruwelijke gebeurtenissen ongedaan te maken en reizen met de tijdpoortopener van Sir Wilfred terug in de tijd om het kwaad voorgoed te verslaan.
Neil Agar, een veiligheidsagent bij het ministerie van Buitenlandse Zaken, wordt naar Peckham, Californië gestuurd om de dood te onderzoeken van een bacterioloog die werkt bij het door de overheid gesponsorde Brandt Research. Zijn onderzoek wordt al snel bemoeilijkt door een groeiend aantal sterfgevallen, allemaal mannen die stierven aan congestief hartfalen veroorzaakt door seksuele uitputting.
Een heroïsche expeditie trotseert met sneeuw bedekte afgronden en ontdekt de gevreesde mensachtigen. Maar wacht: dit zijn buitenaardse yeti's die vanuit de ruimte naar binnen zijn gesneld om de aarde te veroveren door de poolijs kappen te smelten met hoogenergetische protonenvelden. Zal de mensheid mondiaal worden globaal opgewarmd tot overgave?
Wanneer een ruimteschip met gevaarlijk materiaal boven een klein plattelandsdorp ontploft, wordt een dodelijk virus op de bevolking losgelaten, waardoor ze in zombies veranderen. Alleen de alien die verantwoordelijk is voor het vreselijke ongeluk en een kleine groep overlevenden kunnen voorkomen dat de epidemie zich verspreidt, maar eerst moeten ze de ervaring overleven.