巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。

15歳の少年ジムは惑星モントレッサで母と2人暮らし。彼の父は、ジムがまだ幼い頃に家族を捨てて宇宙へと旅立ってしまった。ジムはその影響からか、トラブルばかり起こして母を困らせている。そんなある日、彼の家の近くに宇宙船が不時着。ジムは船内にいた瀕死の男を救出する。この時、男からある箱を渡されたジムは、男を追ってきた海賊の追跡を逃れ、宇宙物理学者ドップラー博士のもとへ辿り着く。そしてその箱を調べてみると、莫大な財宝が眠るという伝説の“トレジャー・プラネット”への地図が入っていた。

人類を同化するというボーグの最初の試みが失敗してから6年。ボーグは再び人類を同化するため侵略を開始した。彼らはゼフラム・コクレーンによる人類初のワープ飛行を阻止し、人類が彼らに抵抗できる技術力を持つ前に同化を完了するために過去にタイムトラベルした。ピカード艦長と彼の乗組員は新たに建造されたUSSエンタープライズEで過去の地球へタイムトラベルし、ボーグの企みを阻止しなければならない。

ニューヨークの駅構内。不審な行動を見咎められ警察に連行される謎の男プロート。彼は自らを遥か1,000光年彼方のK－PAX星からやって来た異星人だと名乗り精神病院に送られる。プロートの治療に当たるのは精神科のパウエル医師。初めのうちは単なる妄想か虚言と高を括っていたパウエルだったが、その落ち着き払った言動や理路整然とした説明にかすかな疑問を抱き始める。さらに、プロートの存在は他の患者たちにも強い影響を与え、パウエルが治せずにいる患者たちがみるみる回復していく。

23世紀。カークらUSSエンタープライズの乗組員たちはスポックの故郷バルカン星で暮らすが、船を勝手に動かした責任を取る覚悟で地球に戻ろうと決心。同じころ地球に強力な電波を発信する異星の探査船が接近する。電波のせいで滅亡寸前になった地球だが、カークたちは探査船を送ったエイリアンの目的がザトウクジラだと気付く。エイリアンは太古から地球のザトウクジラと交信していたが、ザトウクジラは21世紀に絶滅していた。

23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。

ロシアの首都モスクワに巨大な未確認飛行物体が飛来する。ビルをなぎ倒し、多数の死傷者を出して墜落した物体は、なんと宇宙人の巨大母船だった。宇宙人との初にして突然の遭遇に市民が戸惑う中、政府は戒厳令を敷き、事態の収拾を図る。一方、軍司令官の娘ユリアは、来訪した宇宙人の技術者ヘイコンと親しくなる。宇宙人排斥の機運が高まる中、ユリアはヘイコンらが故郷に戻るため必要な物体“シルク”の探索に協力することになる。

時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。

地球の中世時代のよう牧歌的な雰囲気をもつバクー人の惑星で調査活動を続けていたアンドロイドのデータ少佐に異変が起きた。実はバクー星は、基地も隊員もホログラム映像で偽装し、惑星連邦とソーナ人が共同で密かに観察していたのだ。誤作動が起こったデータはホログラムを解除、隊員達を人質にしてしまった。エンタープライズ号艦長ピカードはバクーに駆けつけ、ソーナ人のルアフォ総統に破壊されようとしていたデータを何とか回収した。ピカードはデータ誤作動の原因を解明していくうちに、バクー人の惑星は不老不死をもたらす特殊な放射線に包まれており、ゾーナ人が連邦のダワティ提督と共謀してバクー人を強制移住させ、永遠の若さの秘密を手に入れようと企んでいたことがわかった。この計画を阻止すべく、ピカードたちは連邦に逆らってでもこの惑星を守ることを決意、ゾーナの巨大戦艦2隻と戦いを繰り広げる。

最強の巨大殺戮エイリアンの暴走を食い止めるため、1人の異星人がバイキングたちと共に立ち上がる。超迫力のSFアドベンチャー・アクション！

一等航海士のライカーとカウンセラーのトロイの結婚が決まり、トロイの故郷ベタゾイドで行われる祝宴に向かうピカード艦長とエンタープライズ号のクルーたち。途中、ある惑星でデータそっくりの不審なアンドロイドを発見。原因不明のまま、ひとまず航行を続けていたエンタープライズに、今度は艦隊司令部のジェーンウェイ提督から長年対立関係にあったロミュランに向かうよう緊急指令が入る。ロミュランに政変が起り、新執政官シンゾンから講和を結びたいとの申し入れがあったというのだ。急ぎ、エンタープライズはロミュランに進路をとるのだった。

前作のジャングルから一転、舞台を近未来1997年の犯罪都市ロサンゼルスに移したシリーズ第2作。麻薬組織の抗争の只中で始まった肉食エイリアンの人間狩りにタフな黒人刑事が立ち向かう。

億万長者の実業家ウェイランド（ランス・ヘンリクセン）は、考古学者、科学者、セキュリティのエキスパートからなる国際チームを招集し、環境問題専門家で女性冒険家のレックス（サナ・レイサン）にガイドを頼み、南極の地下深くから放出されている謎の“熱源”の調査を敢行する。そして、600mの地底で目撃したものに、彼らは興奮し、次に恐れを抱く。彼らが発見したのは、アステカ、エジプト、カンボジアの各文明が交じりあった巨大なピラミッドだった。ピラミッドの内部に様々な部屋を見つけ、その進んだ技術が数千年前から地球外文明の影響を受けてきたことが明らかになる。 そのとき突如、部屋の壁が動いて閉じこめられただけでなく、その動く壁の迷路によってチームのメンバーは分断されてしまう。部屋から部屋へと移動しているうち、象形文字からついに恐ろしい真実が明かされる。プレデター種族は、100年周期で生きたまま凍らせたクイーン・エイリアンに卵を産ませ、若いプレデターの戦士は、生まれたエイリアンと対決する試練を受ける。この信じがたい成長の儀式――エイリアン対プレデターの戦いの真っ直中に、レックスたちは足を踏みこんでしまったのだ、生け贄として……。

宇宙の中立地帯に浮かび、恒久平和が実現したはずの惑星ニンバス3で反乱が発生し、休暇中だったカークら乗組員たちは、USSエンタープライズでニンバス3へ急行する。反乱を率いるのはカリスマ的なバルカン人サイボックだが、彼はカークの部下スポックの異母兄弟だった。ニンバス3で反乱軍に負けたカークたちは敵にUSSエンタープライズの指揮権を奪われ、銀河の中心にある人類未踏の地“グレートバリア”に向かわされる。

南極に存在したピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生するという衝撃のラストシーンで前作は終わった……。しかし、それはこれから地球で起こる惨劇の序章でしかなかった！ プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求めて飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして遂に始まった、人類の眼前で次々と繰り広げられる壮絶かつ凄惨な戦い……。史上最も恐ろしい２大モンスターの激突の行方は？　そして人類を巻き込んだ戦いの果てに待ちうける、驚愕の結末とは？　人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。果たして地球に明日はあるのか？