鉱山町で、見習い機械工として働く少年パズーは、ある日、空から降ってきた不思議な少女シータと出会う。2人は、シータの身に着けていた不思議な「飛行石」を狙う様々な陰謀に巻き込まれていく。

ノアの方舟が陸地を見つけられなかったもう1つの世界。巨大な眼球を模し、中に複数の人型の彫像が鎮座する宗教の象徴のような機械仕掛けの太陽が海に沈み、世界は夜を迎える。 方舟の中の動物がすべて化石になった頃、忘れ去られた街で一人の少年と一人の少女が出会う。

近未来の半ば朽ちかけたような港町に子供の失踪事件が続発。実は町に横行する一つ目教団が、沖合に浮かぶ奇妙な実験室に住む天才クローン人間クランク（ダニエル・エミルフォルク）に夢を見させるため、誘拐していたのだ。サーカスの怪力男ワン（ロン・パールマン）の幼い弟ダンレー（ジョゼフ・ルシアン）も誘拐される。ワンは9歳のミエット（ジュディット・ビッテ）率いる孤児の泥棒団に出会う。彼女たちは孤児院を経営するシャム双生児の姉妹の命令下にあり、ワンも腕力を買われて一味に入らされる。ミエットはワンの弟探しに同情して、二人は一つ目教団の本拠に潜入するが捕まり、処刑されることに。

冒険好きの少年明夫とトムは、不時着した無人宇宙船に乗り込み、太陽を挟んで地球と反対側にある第10惑星に連れ去られてしまう。彼らを迎えた第10惑星人は一見友好的に見えたが、やがて本性を現わし、地球侵略のため少年たちの脳を食べて情報を得ようとする。そこへ地球からガメラが飛来、明夫たちは危ないところを救われる。だが、第10惑星人が繰り出した大悪獣ギロンの猛攻で、さしものガメラも深手を負ってしまう。