I jagten på en hensynsløs narkohandler, hvis kone er stukket af med deres søn og 3 millioner narkodollars, må en hårdkogt politimand fra Los Angeles give rollen som børnehaveklasse-vikar for ad den vej at finde sønnen, hans mor og de 3 millioner dollars. Det viser sig at være hans livs opgave for en flok 6-årige børn kan godt gøre livet surt, selv for en der er vant til at omgås den barskere del af samfundet.

Leonardo, Michelangelo, Donatello og Raphael er tilbage! Sjovere, hurtigere og coolere end nogensinde! Efter at have besejret deres ærkefjende, Flænseren, fordriver de fire Turtles nu tiden i deres kloakhjem med pizza, skateboards og småjobs. Men mørke kræfter lurer på byens overflade, og snart kommer vennerne på deres hidtil hårdeste opgave… Med en uovervindelig hær af monstre vil milliardæren Max Winters overtage verdensherredømmet, og de fire ninja-padder får brug for alle deres tricks og moves!