Er is meer dan een maand verstreken sinds 10.000 gebruikers vastzaten in de wereld van 'Sword Art Online'. Asuna, die de eerste verdieping van het drijvende ijzeren kasteel van Aincrad had leeggemaakt, sloot zich aan bij Kirito en vervolgde haar reis om de bovenste verdieping te bereiken. Met de steun van de vrouwelijke informatiemakelaar Argo leek het opruimen van de vloer soepel te verlopen, maar er breekt een conflict uit tussen twee grote gilden die zouden moeten samenwerken: de top spelers groepen ALS (de Aincrad Liberation Squad) en DKB (de Dragon Knights Brigade). . En ondertussen bestaat er achter de schermen een mysterieuze figuur die aan de touwtjes trekt...

Jagga, een verlegen jongen, woont in een ouderwets klein dorpje samen met zijn ongeluk-aantrekkende vader Bagchi. Wanneer Jagga opgroeit, stuurt zijn vader hem naar een kostschool, voordat hij plotseling op mysterieuze wijze verdwijnt.