エリートFBI捜査官のケイトは、肥大化するメキシコの麻薬組織“ソノラ・カルテル”撲滅という極秘任務を負う特別部隊に選抜された。謎のコロンビア人アレハンドロと共に、麻薬戦争の最前線であるアメリカとメキシコの国境付近に向かうが、そこは仲間の動きも掴めず、人の命が簡単に奪われる無法地帯。そんな中、巨悪を追えば追うほど合法的手段だけで悪を制することができるかと、ケイトの倫理観が揺らいでゆく。
草薙素子たち公安9課は、難民集団「N」を率いるシマムラタカシと邂逅する進化の特異点迫る廃墟・東京で、ポスト・ヒューマンのレイドが始まる2045年。全ての国家を震撼させる経済災害とAIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争へと突入した。電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安9課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安9課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく。
ハウスメイトのキャリーとフィン、そしてジャスパー。3人は偶然に、向いに住んでいた科学者が死亡しているを発見する。 部屋に立ち入り目にしたものは、壁一面に張り出された無数のポラロイド写真と、巨大なマシン。そのマシンは“24時間後"を映し出す、巨大ポラロイドカメラであった。その奇妙な現実に気づいた3人は、そのマシンを自分本位に使用し出す。 自称画家のフィンは、24時間後の自分がどんな傑作を描いているか見ようとし、ドッグレース狂のジャスパーは24時間後に既に発表されている結果を元に、レースを当てまくる。 ある日、ポラロイドカメラは3人の仲に亀裂が入りかねない、“都合の悪い"未来をうつし出してしまう。それを発見したキャリーはそのポラロイド写真を抹消し、自分の未来を少しずつ変えていこうとする。
T-ウイルスは世界中に蔓延し、遂に東京でも感染者が出た。そして、世界滅亡のカウントダウンが始まった。それから4年後。アンブレラ社は東京、渋谷の地下に巨大要塞を築き、アルバート・ウェスカー議長の指示の下で実験を繰り返していた。その地下要塞を、アリスが自身のクローンたちと共に襲撃。地下要塞は壊滅的なダメージを受ける。 ウェスカーは地下要塞をあっさり見限り飛行機で一人逃亡、予め仕掛けていた特殊爆弾[4]を爆破する。クローンアリスもろとも東京は地下要塞ごと壊滅した。 ウェスカーは勝利を確信するが、オリジナルのアリスは生き延びてウェスカーと同じ飛行機の中にいた。アリスはウェスカーを追い詰めるが、不意打ちを受けて取り逃がしてしまう。
世界がウエスタンブロックとイースタンブロックに分断された近未来。ミレーヌ・ホフマン=通称0091(ゼロゼロナインワン)は、ウエスタンブロックの特務組織“ゼロゼロ機関”によって作り出されたスパイ・エージェント。幼い頃の記憶を失った彼女は、サイボーグ化された自らの肉体を最大限に活用し、冷酷非情にミッションを遂行していく。ある時、そんな彼女に“Dr.クラインを奪還せよ”という新たな指令が下されるのだったが…。
13歳の少年マサイアスは嫉妬にかられた父のライバル、サルゴンが父を呪い殺すのを目撃してしまう。その後、マサイアスは、戦いと殺しのプロになるためのアカデミーに入り、7年間、父の復讐を誓い、厳しい訓練を受けつづける。しかし、魔術をも使うサルゴンを打ち負かすには、黄泉の国にあると言われる魔力を秘めた剣をもって、刺し殺さなければならない。マサイアスは、おさなじみのレイラや、旅の途中で知り合った仲間たちと、危険に溢れた黄泉の国への旅を始める。