De film is onderverdeeld in drie hoofdstukken. Het eerste deel gaat over een groep kosmonauten die de Aarde ontvluchten om een beter leven op te zoeken. Maar naarmate de ouderen sterven, degenereert de maatschappij. Het middendeel vertelt de tragische geschiedenis van een opstand van mensen, onder aanvoering van een kosmonaut-Messias, tegen de tirannie van eigenaardige vogel creaturen. Het laatste deel, draait rond een flashback naar de moeilijke tijd van de kosmonauten op Aarde.
Tijdens het tiende jaar van de eerste Cylon-oorlog slaagt William Adama, een jonge piloot, voor zijn studie aan de Academie. Hij wordt toegewezen aan één van de meest krachtige battlestars van de Koloniale vloot: de Galactica.
Een groep studenten van de Cosmo Academie staat op het punt om voor hun laatste examen op te gaan: vijftig dagen overleven op een oud vervallen ruimteschip. Na aankomst merken zij dat er één persoon te veel onder hen is, in plaats van tien studenten zijn zij nu met elf personen. Wie is de oplichter, wie hoort er niet bij hen en waarom is hij of zij daar?
Bizarre buitenaardse wezens landen in het nachtelijke Iowa in de Verenigde Staten. Agenten Sam en Andrew Nivens maken deel uit van het team dat van de regering de op handen zijnde invasie moet proberen in te dijken. Ze worden bijgestaan door Mary Sefton, een specialiste in buitenaardse biologie van de NASA. De buitenaardse wezens, een soort slakken die zich vasthechten aan de rug van de mens, blijken systematisch de gedachtewereld van de mens over te nemen, met de bedoeling de aarde te koloniseren.
De gebeurtenissen vinden plaats in 1990. Buitenaardse wezens nemen via de radio contact op met de aarde en kondigen hun aanstaande aankomst aan. Maar hun schip stort neer op de planeet Mars. Een team astronauten wordt vanaf de aarde gestuurd om hen te helpen. Een alien wordt dan gevonden...
Een ruimteschip heeft op haar lange reis een ontmoeting met een piramide. De verrassing maakt plaats voor afschuw wanneer de bemanning stuk voor stuk wordt geconfronteerd met hun ergste nachtmerries.
De lieve en vindingrijke Daria en Tisa ontsnappen uit een ruimtegoelag om vervolgens een noodlanding te maken op een nabijgelegen wereld waar een man in een strakke broek genaamd Zed Het gevaarlijkste spel speelt. Zed laat de meisjes en een andere gast los in zijn junglereservaat om als prooi te dienen tijdens een waanzinnige jacht. Alleen gewapend met messen en hun verstand moeten de meisjes zich een weg banen door de jungle naar een verborgen wapenopslagplaats voordat Zed hen vangt en doodt.
Een oceanisch observatiestation verkeert in wanhopige problemen nadat een plotselinge haaienaanval de zuurstoftoevoer verwoestte. Het begeleidende schip, een kustwachtkruiser en andere schepen in en rond de Bermudadriehoek worden ook aangevallen. De Amerikaanse marine stuurt een onderzeeër op onderzoek uit, maar al snel worden ook zij aangevallen.
Stella en Akton zijn twee kleine smokkelaars die op de vlucht zijn voor de galactische politie. Net voordat ze gevangen worden horen ze over een nieuw wapen van Graaf Zartharn die de mensheid wil uitroeien. Om hun straf te ontlopen moeten beide het wapen van de graaf onschadelijk maken.
Nadat een asteroïde een astronaut en zijn schip naar de oppervlakte heeft getrokken, wordt hij geminiaturiseerd door de exotische atmosfeer van de spookplaneet.
Wanneer een ruimteschip met gevaarlijk materiaal boven een klein plattelandsdorp ontploft, wordt een dodelijk virus op de bevolking losgelaten, waardoor ze in zombies veranderen. Alleen de alien die verantwoordelijk is voor het vreselijke ongeluk en een kleine groep overlevenden kunnen voorkomen dat de epidemie zich verspreidt, maar eerst moeten ze de ervaring overleven.