Han passat tres anys i Batô segueix a la Secció 9. El record de la comandant Kusanagi no l'abandona. Ara ha d'investigar el cas d'una robot femenina destinada al plaer, que ha assassinat el seu propietari.

La galàxia està consumida per les Guerres Clon, una contesa civil massiva impulsada pels malvats Separatistes i els seus exèrcits de droides contra la República i els seus protectors Jedi. Per aconseguir un avantatge en aquest conflicte que es va recruant, el cavaller Jedi Anakin Skywalker i el seu aprenent Ahsoka Tano són enviats en una missió amb conseqüències de gran abast i que els obliga a enfrontar-se al famós senyor del crim Jabba l'Hutt. A més dels perills que els esperen en Tatooine, Anakin i Ahsoka són perseguits pel comte Dooku i els seus sinistres agents, entre els que s'inclou la misteriosa Asajj Ventress, que no es detindrà davant res fins a assegurar-se que els Jedi són derrotats. Al mateix temps, en primera línia, Obi-Wan Kenobi i el mestre Ioda lideren a les forces clon en un valent esforç per resistir l'atac de les forces del costat obscur...