第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

世界を壊滅状態へと導いた「セカンド・インパクト」から15年後。14歳の碇シンジは、特務機関NERV（ネルフ）の最高司令官で父親でもある碇ゲンドウから、謎の巨大生物“使徒”と戦う人造人間エヴァンゲリオンのパイロットに任命される。使徒との戦いが困難を極める中、地球存続のための任務を背負う彼らは、ある国家規模の作戦を実行に移すことになる。

TVアニメの第2シリーズ。春。都会から離れ穏やかな時間の流れる田舎町。桜の舞い散るなか八十稲羽駅に降り立つひとりの少年・鳴上 悠。家庭の事情から叔父のいるこの町へやってきた悠は、地元の八十神高校へと転入することとなる。そしてはじまる学園生活——。放課後のショッピングモール。街で起こる連続殺人事件。深夜に流れるマヨナカテレビ…。悠と仲間たちに“今度は”一体どんな日々が待ち受けているのだろうか？

秘密諜報員イーサン・ハントの仲間は次々に傷つき、自らも負傷した。にもかかわらず、ハントは二重スパイの汚名を着せられる。追跡者から逃がれ、厳重な警備のCIAの金庫室に忍び込み、疾走する列車の屋根にしがみつき、ハントは独力で事件の謎を解明しようとする。やがて驚くべき真相が明らかに…。

不可能なミッションを遂行してきた天才的スパイのイーサン・ハントは、敵の罠に落ち、前例のない衝撃的な計画に翻ろうされてしまう。イーサンは己との戦いを克服し、成功率0％の任務を成し遂げるため、ヨーロッパやアジアへと飛ぶ。そして最高機密組織I.M.F.の新たなるメンバーとともに任務を遂行する。

シリーズの人気キャラクターでもある漆黒の忍者スネークアイズを主人公に、マスクで顔を隠し謎に包まれたスネークアイズがいかに誕生したかを描く。日本の闇の組織からある男の命を救ったスネークアイズは、秘密忍者組織「嵐影」への入門を許可される。600年にわたり日本の平和を守ってきた嵐影だったが、悪の抜け忍組織と国際テロ集団「コブラ」の連合軍による攻撃にさらされ、危機に瀕していた。スネークアイズは嵐影の3つの試練を乗り越え真の忍者となり、世界を守るため戦う。

休暇中のイーサンのもとに、緊急指令が下った。それはテロ集団に奪われた致死細菌“キメラ”の奪回。早速新チームが編成されるが、そこには見知らぬ女盗賊・ナイアの名があった。不審に思いながら、イーサンは彼女に接近を図る。

前作OVAより約1年後に発売された、劇場用作品並の長尺で制作された完全新作。実際に映画公開も予定されていたが、最終的にはOVAとして発売されている。 　ムゲ帝王との戦いを経て、獣戦機隊の面々にもとりあえずの日常が戻っていた。それぞれが自身の問題と向き合い悩む中、謎の組織バンディッツが破壊活動を開始。さらには巨大な敵グザートが出現し、迎撃に向かう忍たち。しかし敵は自爆してしまい、それが新たな戦いの幕を開けることとなった……。 　『マシンロボ』等で人気のアニメーター・はばらのぶよしの作画センスを堪能できる一編だ。主人公たちがミュージシャンばりに演奏する終盤のライブシーンは、忍と沙羅のキスシーン同様に話題を呼んだ。

トップハム・ハット卿が休暇で暫くの間ソドー島を離れる事になり、『シャイニング・タイム駅』の駅員『ミスター・コンダクター』が、局長代理として島へ来ることになった。トーマスたち機関車は彼を歓迎するものの、極悪非道なディーゼル機関車、ディーゼル10も謎の機関車『レディー』を捕まえるべくソドー島に帰って来ていた。そのレディーは、マッフル・マウンテンに住むバーネット・ストーンが洞窟に隠していた。彼は以前、この機関車を守るようコンダクター家に頼まれていたが、数年前、レディーを酷い目に合わせてしまい、それ以来山に閉じ籠ってしまう。ソドー島では、誰もがディーゼルに脅える中、やっとミスターコンダクターがソドー島に到着する。しかし、ソドー島とシャイニング・タイムを行き来するのに必要な『魔法の粉』が底を尽きてしまい、ピンチを迎えてしまう。