Eines Nachts beobachtet Usagi, wie Chibusa im Schlafanzug das Haus verlässt und folgt ihr. Auch ihre Freundinnen entdecken Kinder, die von dem mysteriösen Flötenspieler Pupulan hypnotisiert werden. Unter diese Kindern reiht Chibiusa sich ein. Die Sailorkriegerinnen stellen sich Pupulan entgegen, werden jedoch durch seine Illusionen und Angriffe der Bonbonbabies zurückgeschlagen und Pupulan verschwindet mit den Kindern. Doch da kommt ihnen Peruru, ein offenbar abtrünniger Kinderfänger zu Hilfe, mit dem sich Chibiusa am Tag zuvor angefreundet hatte, und der seitdem Bedenken hat ob das was sie tun richtig ist.

In diesem Film spielt ausnahmsweise mal Luna die Hauptrolle. Sie ist krank und wird beinahe von einem Auto überfahren, zum Glück aber von Kakeru gerettet. Er ist Wissenschaftler und von den Sternen völlig fasziniert. Seine Freundin Himeko ist derzeit an einem Projekt der NASA beteiligt und bei den Vorbereitungen für einen Flug zum Mond. Kakeru ist im Besitz eines Meteoritensplitters, der ihn langsam krank macht. Er hatte beobachten können, dass sich vom Mond kleine Objekte entfernten, doch seine Freundin tut die Geschichte um die Schneeprinzessin Kaguya, die auf dem Mond leben soll als Albernheiten ab.

Auf der Flucht vor finsteren Gestalten, laufen das Mädchen Sakura und ihre Freundin Shizuku zu einem Portal. Dort überreicht Shizuku Sakura drei Karten und bittet sie, anhand der Symbole auf den Karten, nach Hilfe zu suchen. Noch bevor Sakura von dem Feind geschnappt werden kann, schubst Shizuku sie durch das Portal und sie landet in der Stadt Ichigozaka. Dort trifft Sakura auf Ichika und somit auch auf eines der Symbole auf den Karten. Als Ichika sich daraufhin in Cure Whip verwandelt, um Sakura zu beschützen, realisiert sie, dass die Karten sie zu Pretty Cure führen und diese ihr sicherlich helfen können, ihre Welt und ihre Freundin Shizuku zu retten.

Ayumi Sakagami, ein Mädchen das PreCures anhimmelt, ist ständig alleine, da sie zu schüchtern ist und ihr der Mut fehlt, um ihre Klassenkameraden anzusprechen. Jedoch lernt sie eines Tages Fuu-chan kennen und sie freunden sich miteinander an. Fuu-chan ist ein Überbleibsel der Fusion Foe, welche schon in Eiga Precure All Stars DX: Minna Tomodachi - Kiseki no Zenin Daishuugou von den Precure Magical Girls besiegt wurden. Nachdem Fuu-chan Ayumis Vorliebe für PreCures bemerkt, welche für ihre aktuell kleinere Körpergröße verantwortlich sind, entschließt sie sich, ihre alte Form zurückzuerlangen und Yokohamas Minato Mirai Bezirk in die totale Dunkelheit einzuhüllen.

Cure Flora findet ein handgemachtes Diadem, welches sie auch gleich anprobieren möchte. Dafür betritt sie einen Raum, der einen riesigen Spiegel enthält, aber dieser Spiegel ist kein gewöhnlicher, denn er beherbergt fünf Geister, die Cure Flora kurz darauf ziemlich an der Nase herum führen. Haruka und ihre Freunde besuchen gerade das Pumpkin Café, als sie eine mysteriöse Einladung zu einem Prinzessinnen-Wettbewerb erhalten und sie kurz darauf angegriffen werden. Nach dem Kampf werden die Mädchen in das Kürbis-Königreich teleportiert und sollen dort an dem Wettbewerb teilnehmen, um so die neue Prinzessin des Reichs werden. Als Haruka ihr Zimmer im Mädchenwohnheim des Internats betritt, hört sie plötzlich eine Stimme die nach ihr ruft. Es ist ihre Puppe, die auf ihrem Schreibtisch sitzt und kurzerhand findet sich Haruka in dem Königreich der Puppe wieder, die sich auch noch in ein Mädchen verwandelt hat.

An Nozomis Geburtstag taucht Bunbee auf, der ein Mädchen aus einer anderen Welt, Chokola, jagt. Pretty Cure retten sie und zum Dank dafür lädt sie die Mädchen in ihre Heimat, das Königreich der Süßigkeiten, ein. Hier, in diesem Schlaraffenland mit Flüssen aus Fruchtsaft und Süßigkeiten, die auf Bäumen wachsen, gefällt es den Mädchen natürlich sehr gut. Leider machen sie auch Bekanntschaft mit Mushiban und seinen Untergebenen Trocken und Bitter, die das Königreich übernehmen und Pretty Cure in Süßigkeiten verwandeln wollen. Und so kämpfen Pretty Cure, um das Königreich zu beschützen, nicht nur gegen Mushiban und seine Helfer, sondern auch gegen Coco, der von Mushiban einer Gehirnwäsche unterzogen wurde.

Nachdem sie die Probleme im Labyrinth-Königreich gelöst haben, leben Love Momozono und ihre Freunde ein glückliches Leben und führen ihr Tanztraining fort. Doch plötzlich verschwinden die Spielzeuge der Kinder aus der Stadt und die Mädchen willigen ein, bei der Suche nach ihnen zu helfen. Love Momozonos Stoffhase erwacht plötzlich zum Leben und erzählt den Cures, dass Toymajin für alles verantwortlich ist. Die Mitglieder der Fresh Pretty Cure reisen dann ins Königreich der Spielzeuge, um die Lage zu retten.

Yogi kann gerade noch verhindern, daß ihn Ranger Smith in den Zoo nach San Diego abschiebt. Doch Cindy gerät in die Fänge eines grausamen Zirkusmanagers. Nun ist es an Yogi, seine Freundin zu retten.

Toody ist in Brooklyn Polizist. Der Streifenwagen-Fahrer hat seinen Partner überfahren. Als Ersatz wird ihm Francis Muldoon zur Verfügung gestellt - ein ganz harter Brocken, der ziemlich kleinlichist und keinen Spaß versteht. Toddy stellt ihm die verruchte Velma vor. Nebenbei müssen sie auch noch die Leibgarde für einen eingebildeten Kronzeugen eines Mafia-Prozesses spielen.