Under konstant angreb af monstrøse skabninger kaldet engle, der søger at udrydde menneskeheden, U.N. Special Agency NERV introducerer to nye EVA piloter til at forsvare byen Tokyo-3: den mystiske Makinami Mari Illustrous og den intense Asuka Langley Shikinami. I mellemtiden, Gendo Ikari og SEELE videre med et hemmeligt projekt, der involverer både Rei og Shinji. Filmen blev omdøbt "Evangelion: 2.22" for sin DVD / Blu-Ray udgivelse.

Cooler har fået at vide, at hans bror, Freezer, er blevet dræbt af en saiya-jin, og han sætter derfor kurs mod Jorden for at hævne hans død. Son-Goku bliver hans mål. Cooler er stor i slaget og fortæller Son-Goku, at han ikke bare er ude på at hævne sin brors død, han vil også udslette alle saiya-jiner. Son-Goku bliver angrebet, mens han er på udflugt med sine venner. Kampen ender med, at Son-Goku får et alvorligt slag i ryggen. Hårdt såret søger han i skjul i en grotte sammen med Kuririn for at samle kræfter. Son-Goku har brug for magiske bønner, hvis han skal overleve, så Son-Gohan begiver sig nu på ryggen af sin drage af sted mod mester Kvædes tårn for at få de livsvigtige bønner. Det bliver en farlig rejse, for Cooler og hans håndlangere har stadig ikke opgivet jagten på Son-Goku og hans venner.