Den unge fårefarmer, Johnny, er følelsesmæssigt ude af balance. Hans far er delvist lammet efter et hjerteanfald og sammen med sin bedstemor, er de ene om at drive farmen. Da læmmeperioden nærmer sig, er de nødt til at hyre hjælp udefra og ansætter den unge rumæner Gheorge. Gheorges ankomst er starten på et intenst forhold mellem de to unge mænd, og det får Johnny til at betragte sig selv i et ganske anderledes lys.

Tusind dage er gået, siden Godzilla forsvandt i dybet. Tokyos indbyggere frygter stadig monstrets tilbagevenden, men i stedet kommer der andre uventede gæster fra fremtiden. Videnskabsmænd ankommer i en tidsmaskine med en foruroligende desked: Om 200 år vil Godzilla vende tilbage, og denne gang vil det lykkes for ham at tilintetgøre verden! Nøglen til redning kan endnu længere tilbage i tiden, nemlig dengang da monstret blev skabt. Kan man slette Godzilla fra fremtiden, truer han ikke fremtiden længere. Men i stedet rammes verden af en anden frygtelig fare: Det trehovedede uhyre King Ghidorah!