Han passat tres anys i Batô segueix a la Secció 9. El record de la comandant Kusanagi no l'abandona. Ara ha d'investigar el cas d'una robot femenina destinada al plaer, que ha assassinat el seu propietari.

Ucraïna, 1918. A un petit poblat d’una zona rural propera a Odessa conviuen en pau comunitats d’orígens diversos, patint l’assetjament i les agressions de les tropes bolxevics. Dos nens, un de família alemanya catòlica i un altre de jueu, mantenen una amistat que perdurarà per sobre dels prejudicis, l'odi i el pas del temps. Tots dos compartiran els convulsos esdeveniments de la Revolució Russa i sobreviuran a les guerres mundials.