Het is de zomer van 1984. Margaret Thatcher is aan de macht en de Nationale Unie van Mijnwerkers (NUM) is in staking. Tijdens de Gay Pride Mars in Londen, besluit een groep van homoseksuele en lesbische activisten geld in te zamelen om de families van de mijnwerkers te steunen. Maar er is één probleem, de Unie schaamt zich er voor om hun steun te ontvangen.

Dit verhaal speelt zich ongeveer twee en een half jaar na hun eerste ontmoeting af. Kijima verhuisde van Tokio naar het huis van zijn ouders waar zijn zus en haar man wonen, en Kuzumi, die een universiteitsstudent was, kreeg een baan en werkt in Tokio als lid van de samenleving. De twee, die alleen via brieven hadden gecommuniceerd, werden herenigd in het platteland waar Kijima woont.

Bree is een conservatieve transseksueel. Ze werkt hard en spaart elke cent om de laatste operatie te kunnen betalen, die van haar eindelijk een echte vrouw zal maken. Dan krijgt ze een telefoontje van een zekere Toby, die haar zoon blijkt te zijn, veroorzaakt door een onhandig avontuurtje. Toby blijkt ook nog eens in de gevangenis te zitten in New York. Bree gaat op aanraden van haar therapeute dan toch maar naar New York om haar zoon op te halen. Deze heeft geen enkel idee hoe de vork in de steel zit en Bree besluit dat voorlopig maar zo te houden.

De vijftienjarige Tom gaat samen met zijn ouders en jongere zusje de zomer in een vakantiehuisje doorbrengen. Er is echter ook nog een ander gezin aanwezig. Tom ontmoet Felix, de zeventienjarige zoon van het gezin. Gedurende de zomer ontstaat er een bijzondere band tussen de jongens.

Speedverslaafde Ross (Schwartzman) is dringend op zoek naar een nieuwe dosis en besluit Spider Mike (Leguizamo) te bezoeken. Deze dealer en zijn geflipte vriendin Cookie (Suvari) zijn echter hun voorraad kwijt. Gelukkig is er nog de vriendin (Murphy) van The Cook (Rourke), de gekke chemicus die de poedertjes prepareert.

Shortbus volgt een groep New Yorkers die balanceren op de tragikomische grenzen van seks en liefde. Alle karakters en hun problemen komen samen in een erotische nachtclub. Een film vol filosofische vragen, vleselijke lusten en onstuimige liefde.

Korte film: Eric, een worstelende heteroseksueel, speelt zich af in een parallel universum waar de seksuele vooroordelen de voorkeur geven aan homoseksuelen en geeft zichzelf toe aan een regelrecht bekeringskamp. Wat begint als een remedie voor zijn afwijkende levensstijl, wordt een reis van zelfacceptatie.

Felix, veertien, begint een relatie met een oudere jongen, in de hoop betrapt te worden door zijn conservatieve vader, zodat hij hem kan confronteren.